“令狐十一式”之外的——关于信息冗余、信息选择和信

令狐冲

生物信息的整合是个非常艰难的研究项目，难就难在它是完全开拓性的、没有前人的经验可以借鉴，一切都要在茫茫黑暗中摸索，就像包老所说的：许多世界级的大科学家都曾经在这个问题前碰过壁，远的不说，就说咱中国的，鼎鼎大名的钱学森教授在二十年前就曾倡导过人体科学的研究，并进行了可贵的探索，可是并没有取得成功，并且被某些别有用心的人所利用，成了钱老一生最大的遗憾。

现在包老提出这个研究方向，我是鼎力支持的，现在国外也正在兴起计算机技术和生物整合的系统生物学研究，去年世界著名的《自然》杂志专门出了一期系统生物学的专刊，表示了对系统生物学的关注和支持，中国再不抓紧，也会在这个领域落后于西方，这可能是生物医学领域留下来的最大的一份蛋糕了。

说起生物信息的整合，大家都知道，生物的信息总量是非常非常巨大的，简直让人望而生畏，即使只是一个小小的领域，信息量也不可忽视，就说p53，已经知道得就已经很多，更多的信息我们还没有把握，如何把这海量的数据整合起来，确实是个难题！！

jhs1

东方科技论坛第42次学术研讨会于2004年7月11日，在上海沪杏科技图书馆举行。本次论坛由上海生物信息技术研究中心、中科院上海生命科学研究院和复旦大学生命科学学院共同承办，论坛主题为"系统生物学中的生物信息学"。中科院院士、中科院上海生命科学研究院李载平研究员和赵国屏研究员共同主持了会议。
    东方科技论坛理事会施强华副秘书长参加了会议并致辞。他说，这次举办"系统生物学中的生物信息学"研讨会，是非常及时的。在以往基因组和蛋白组的基础上，上海市科委在今年的重大项目中安排了系统生物学的研究内容。作为系统生物学的具体研究切入点，市科委考虑了代谢系统和白血病两个方向作为研究模板。他希望通过这次研讨会能对未来如何开展系统生物学的研究工作，对今后的市科委重大项目以及国家重大项目，如973，863等，提供有参考价值的和有建设性的建议。
    参加本次研讨会的代表有来自美国得克萨斯大学休斯顿健康中心的熊墨淼教授、美国加州大学河边分校的姜涛教授、美国纽约州大学Buffalo分校的周耀旗教授、华中科技大学生命科学与技术学院的骆清铭教授、东南大学的陆祖宏教授、中科院上海生命科学研究院的吴家睿研究员、复旦大学生命科学学院的钟扬教授、复旦大学高分子材料科学系的丁建东教授、上海交通大学系统生物学研究所的赵立平教授和上海生物信息技术研究中心主任李亦学教授等20多个大学及科研院所的30多位专家和学者。
    生物信息学是系统生物学研究中非常重要的部分。为了促进我国的系统生物学中的生物信息学研究，因此，本次研讨会始终紧扣"系统生物学中的生物信息学"这一主题，从不同的角度进行了报告和讨论。

令狐冲

在这儿我说说生物信息整合时的信息冗余、信息选择和信息压缩的问题，必须要对所得的数据有所取舍，不能面面俱到，举个例子说吧，要研究一家餐馆（随便想的），你不能把其中桌子、碗的所有信息包容进去，那就是个大杂烩，而不是整合，我们要注意忽略一些不主要的信息，抓住主干，提一以挈百，这样的整合才有可能。

信息冗余，就是多余的信息，这种冗余具有相对的意义，以研究的具体问题不同而有所取舍。舍弃具体的问题，抽象的讲整合研究，意义不大，也很难进行下去。因为在具体的问题中，信息的取舍才有了标准，比如像包老说的，我们要研究出汗（或曰汗腺的生物语义），我们选取的信息范围就骤然缩小，多余的就是信息冗余，排除信息冗余的过程就是信息压缩，对信息冗余与否的判断就是信息选择！

还要注意系统的层次性，研究整体时整体的信息应该最详细，还有和整体最相关的从外讲是具体所处的自然和社会、心理变化，从内讲是相关器官的变化，细胞、分子层次的信息适当压缩，不相关的信息冗余要排除掉，如果要研究细胞，那么细胞、分子以及细胞所处的环境的信息则更重要一些，其他层次的就要适当压缩，一般来说，选择越高的层次，系统描述虽然包容性大但是失之于简单，选择越低的层次，系统描述虽然准确但是包容性小，要根据研究的不同要求选择不同的层次，归根结底，系统信息的选择能不能做到不失真（既不多也不少，仅没有冗余也没有信息的缺失）主要是一个研究参照系的问题！！[/COLOR]

令狐冲

最初由 jhs1 发表
[B]东方科技论坛第42次学术研讨会于2004年7月11日，在上海沪杏科技图书馆举行。本次论坛由上海生物信息技术研究中心、中科院上海生命科学研究院和复旦大学生命科学学院共同承办，论坛主题为"系统生物学中的生物信息学"... [/B]

中国人就会跟着外国人屁股后面走，呵呵！

包老提出这个研究设想二十年无人问津，现在外国人来研究了，（99年才提出的），立马跟上，973、863的，也都来了，还叫做系统生物学中的生物信息学，为啥不叫生物信息整合学之下的系统生物学呢？？

呵呵，乌鸦嘴惯了，有意见的，请多多包涵！

啊，不能再呆了，盈盈叫我了！我去也！HEHE ……

sbf2000

最初由 令狐冲 发表
[B]在这儿我说说生物信息整合时的信息冗余、信息选择和信息压缩的问题，必须要对所得的数据有所取舍，不能面面俱到，举个例子说吧，要研究一家餐馆（随便想的），你不能把其中桌子、碗的所有信息包容进去，那就是个大杂... [/B]

呵呵，有点意思，就是还不具体。

1.这里强调了研究参照系，方法是对的，我支持！不过我们总希望参照系是相对固定不变的，否则，研究就无从下手了；那么什么样的参照系对生物医学信息来说，是一稳定的参照系呢？或者我们如何去获得参照系呢？参照系在信息技术中具的表现形式应该是什么呢？

2.信息冗余是如何产生的呢？难道是人为制造大量的冗余信息的？还是信息冗余是生物信息的本身什么特性造成的？

3.系统的层次应该如何划分才能合理？如果系统层次间存在矛盾如何处理？

4.信息选择是否可以理解为信息记录后，再有目的性地回馈？信息选择和人工智能算法有什么联系？

5.信息压缩跟我们所说的信息提取或数据挖掘有什么不同？抽象化，概念化是否属于信息压缩？信息压缩到最后还会剩下什么？文字符号是不是信息压缩后的形式产物？

提了那么多疑问，不知令狐冲会不会仔细回答？

令狐冲

楼上，我不能回答您的问题太多，仔细回答已经到了生物信息整合的核心，楼上的楼上还想掏我的老底，还是先保守点好！

老包怕已经对令狐冲恼了，看我的帖子也不回，我也渐渐没兴趣了！呵呵……

jhs1

请知情者正本清源，以正视听！