术语库的管理: UMLS用例(1)

南京猿人

当一家大医院需要进行电子病历,或者HIS词汇的管理和维护的时候,就要考虑到一个术语库的问题,或者说是字典.提供标准的用词,统一的用法,词汇的定义等.比如s2即可以代表第二心音,也可以代表第二脊柱.

电子病历的模板设计,个人理解,牵涉到三层.

最底层,是一个术语库,包括了电子病历中用到的所有专业词汇,词汇之间的限制和关系.

中间层包括了一个问题集, 其中中结构化的问题,都需要提供可能的选择答案.比如,性别这个问题的选择答案,是男或者女.该问题集中的每个问题和/或答案,1)词汇基于术语库产生,2)都和界面的控件(widget)产生关联.比如:fever+一个Textbox,代表以自然语言录入fever相关的所有信息.

第三层,展现层,实现domain和问题集的绑定.把每个科室看作一个domain, 可以规定妇产科病历模板,比如采用了中间层问题集里面150个问题, 其中每周10个问题构成一个模板,模板之间的逻辑关系和顺序,比如模板一问道生育史,答案没有流产史,后面的流产模板就不要调用. 模板之内,问题的逻辑关系.比如,第一个问题答案为选择项,后面根据第一个问题的答案展现第二个问题.

由此,术语库比较重要, 他决定了我们的表达是否丰富(expressiveness),是否有条理和层次.我们现在常用的术语库就是UMLS,包括了很多vocabulary,HL7,SNOMED,ICD9...

Ok,我们现在来看一下UMLS, UMLS有很多表.

mrconso,存储了每个concept的基本信息,比如来源于哪个vocabulary,ID是多少,标准名称是什么?同义词是什么?
mrdef,根据每个词的ID,给出了定义.
mrsty,给出了每个词的分类法则,
...

我们可以根据UMLS的表结构查询医疗的标准词汇. UMLS, danel chen正在安装.

但是,UMLS只是一个数据库,不是owl,不能实现owl的特性,也不能和其他owl互动.我们如何才能把UMLS转化成owl呢?

这里,我们需要参看一下目前W3c建议的术语库描述的rdfs/owl标准.比如,skos,可以从下面链接下载. http://www.w3.org/2004/02/skos/

skos,Simple Knowledge Organisation Systems是一个rdfs文件.skos提供一种描述性的框架,类似于表结构.我们可以根据这种框架(表结构),填入新的instance(表记录).
skos可以描述术语库的的分类,每个分类的属性, 术语库每一个concept的相关信息. skos的namespace 是http://www.w3.org/2004/02/skos/core#, 我们这里用大写的SKOS表示.

skos包括的class,

SKOS:concept,所有新的concept都是SKOS:concept的instance.
SKOS:collection,集合.

skos包括的property:
SKOS:prefLabel,推荐用名,
SKOS:AltLabel,近义词,
SKOS:definition,定义.
SKOS:border,更广泛的定义.
SKOSL:narrower,更狭义的定义.

于是, 我们可以建立一个空的rdfs/owl,然后导入skos. 我们可以查询UMLS数据库, 把查询出来需要的词汇, 借用skos预定义的描述结构,转换到我们自己的owl里面,从而获得标准化的词汇,标准化的描述方法.为下一步,中间层,问题集合的设计,奠定下基础.

有问题,请跟贴提问.

skos的ppt, rdfs文件,上文网站可以下载.

[ 本帖最后由 南京猿人 于 2007-9-18 12:49 编辑 ]