本体学与知识计算工程

老包

有一种知识体本质上是一个比较关系（或求差关系），例如我们有知识体：

“The absence of Nef in infected monkeys and humans is associated with much slower clinical progression to AIDS”。

这一知识体涉及的知识要素如下：

  (1) 操作数1(operand 1， O1)：An population of monkeys and humans infected by HIV virus with Nef.
(2) 操作数2(operand 2，O2 )：An population of monkeys and humans infected by HIV virus without Nef.
(3)自变量（Argument or independent variable observed）为操作数之差，即为 O1和O2 的差（或差异）（Difference Between  O1 and O2 , D(o1,o2)）：=  (-E) of Nef
(4)因变量（Dependent variable observed）:为向AIDS的临床进展速度（the speed of clinical progress to AIDS）；
(5)语义关系（Semantic Relation, SR）:  hasTextValue（有文字性值）
(6)关系值（Value Of Semantic Relation, VSR）： MinusDifference

(7) 值域(Domain):正负答案值域(Plus-Minus Domain)：{MinusDifference ,PlusDifference , ZeroDifference}

老包

大部分美国人的一生将至少被误诊一次



1999年，医学研究所（the Institute of Medicine，IOM）报告，9万8千个的死亡是由于医院错误。
根据最近的数据，最近大部分人一生中至少有过一次错误的或耽搁的医学诊断，IOM的报告显示，美国大约每年有1千万个诊断错误。
据保守估计，报告发现5%寻求门诊诊治的美国成人会经历诊断错误。而且，这种误诊会与住院病人中10%的死亡和17%的副反应有关。
它们还往往是投诉要求医疗事故补偿的主要原因，导致的死亡率是其他类型的投诉的两倍。


http://articles.mercola.com/site ... gnostic-errors.aspx

老包

以下是该文提供的误诊病例：
例1. 51岁的女士，具有心脏病家属史，曾经反复要求她的医生转诊到心脏病专科医生作心脏应力试验。在其与医生约诊并首次提出转诊要求后三个月之后，她死于严重的冠脉疾病。
例2.  一个医生把33岁妇女的肺部血块误诊为哮喘，导致死亡。
例3.  急诊室医生误读x片，误诊一个55岁的男士患有上呼吸道感染，而没有诊断为肺炎（正确诊断），导致死亡。
例4.  因外伤中心决定对21岁被刺伤的受害者不做CT检查，导致疏忽了一处穿透受害者颅骨和大脑数英寸的刀伤。
例5. 因为医生没有检查血中某种高浓度的化学物质，该物质导致新生儿全身发黄，最终导致新生儿（本来可以避免的）大脑损伤。

老包

运算化HIV本体学进展，知识工程化的重要方面：

（1）行为或动作的宏微层次（见附件）：

老包

（续医学误诊及医学错误）

老年病人更加危险
另一个研究涉及12500病例，平均年龄76岁，研究发现该群体在接受医疗及护理时几乎5人中有1人遭受医学伤害（medical injuries）。这些伤害包括：
•        给予错误的治疗，
•        对治疗发生过敏反应，
•        由于治疗导致更多的并发症。
相比之下，经历医疗伤害（medical injury）的病人的死亡增加一倍，伤害还导致下一年度消费更多的医疗服务和费用。而媒体往往把注意力集中在医院发生的医疗伤害，但实际上大约三分之二的伤害发生在随访医护（outpatient care）,如医生的诊所。
但特征化研究（featured study）发现约百分之19的老年人为医护伤害。收入较低的老年人以及残疾病人的危险更高。而患者所带的慢性疾病的医疗副反应的危险将增加百分之27。由此，研究者认为:
“由医疗护理或处理导致医疗伤害高于任何其他基本疾病 …其发生率可能高于一直以来的估计”。

老包

老包洞见：

如果上述医学误诊及医疗的数据有根据的话（应该相信它们有一定真实性），那么我们必须：
（1）重新认识医学知识的认知本质；
（2）认真思考医学信息学和医学本体学如何帮助医生，如何帮助病人，如何帮助医学？

老包

艾滋病及艾滋病毒本体学（第14版）已发表：

http://bioportal.bioontology.org/ontologies/HIVO004

老包

历次国际生物医学本体学会议的地点，时间和大会论文集正式发表的论文数：

2015年 论文集正式发表论文16篇,  July 27-30, Lisbon, Portugal
2014年 论文集正式发表论文13篇,  October 8-9, Houston, Texas, USA
2013年 论文集正式发表论文13篇,  July, 7-12, Montreal, Canada
2015年 论文集正式发表论文23篇,  July, 21-25, Graz, Austria
2015年 论文集正式发表论文28篇， July26-30，Buffalo, USA

老包

国际生物医学本体学大会论文集（2011-2015）论文分布

发表论文较多的国家为：（数字为参与正式发表的论文工作的国家的次数（某一国家两个以上作者参与只记一次））

美国： 57
英国：16
德国：15
奥地利： 14
日本：9
瑞士： 5
葡萄牙： 5

老包

接下来为以下国家：

加拿大：4
法国： 3
巴西： 2
新加坡： 1
捷克：1
西班牙：1
挪威：1
荷兰：1
丹麦：1
瑞典：1
哥伦比亚：1
菲律宾：1
沙特阿拉伯：1

老包

新完成关于HIV本体学新进展的博客文章：

A Way To Make Object Property Equipped With Some Operation Features——Discussion On HIV/AIDS Ontology(11)，

发表在我的博客网页：

http://blog.51.ca/u-345129/。

HIV ontology发表并不断更新在Stanford大学主持的生物门户网上：

http://bioportal.bioontology.org/ontologies/HIVO004

很希望能恢复我在MIfrum的博客网页，及时介绍研究的新进展，但不知如何操作？


           

danelchen

包老，您想用什么形式来做发布呢？可以考虑架一个WordPress然后您自行维护管理？

老包

丹尼，

好的。还是像以前一样，你教我方法，我自己维护比较方便。

今天，关于艾滋病临床知识的本体学“AIDSClinicOntology”已开始发布在美国国家生物医学本体学中心（有Stanford大学维护）的生物门户网上：

http://bioportal.bioontology.org/ontologies/AIDSCLIN

我把我们的医学信息学网站“包含飞教授专栏”的英文版作为HIV本体学的“home page”, 公布在“ontology infomation”栏中（见频幕拷贝图）。

（HIV 主题本体地址为：https://bioportal.bioontology.org/ontologies/HIVO004）

danelchen

http://wp.miforum.net.cn/baohanfei/
包老，给您建了一个wordpress的站点，这个就是您的个人blog一样。可以发您的新文章和材料了。

老包

谢谢丹尼!碰到问题再请教你。