[ppt]开发基于本体论的元数据管理系统

yuanyg

原名“Developing an Ontology-based Metadata Management System for Heterogeneous Clinical Databases”，我翻译为“
整合异型临床数据库资源，开发基于本体论的元数据管理系统”，感觉和包老的整合论关系比较密切，包老您在整合论方面有没有一些实际的应用啊？

另外，我还有问题请教包老：整合论的应用前景如何？是否能够配合医院信息化建设，提供一些具体的支持？

老包

这方面的工作很早就开始研究，UMLS就是一种异质数据库（但没有强调以本体形式）之间的元语言。“heterogenous”此处也可翻成“异质的”。此处强调“异构的”，“性质不同的”。但我的理解是“语法层次”方面的整合。整合论(BMKI)涉及更深层次的语义级理解，着重于知识整合理论的研究。我想整合论（BMKI）的应用前景是无可估量的。例如我在一个帖子中提到的机体整合是个“万体问题”，至今还没有一个人认真思考过。更谈不上研究如何操作了。

老包

我相信信息学和整合论都是智慧者之间的对话。但智慧者必须勤于思考，才能发挥他的智慧，而严密的思索有时是很累人的。

一个好的信息学者，只要你的逻辑思路是清晰的，我这里程序和应用就会跟着出来。所以关键是理论思路的探索。

我相信，计算机是信息和知识整合的体现者，对此我们中国学者进行原创性探讨，是难逢的好机会，不要与它擦肩而过。

我可以再给大家一个惊人的情况，我们医学的绝大部分实验性知识是对独立对象或分散对象所发现的规律。对细胞的研究，我们先用酶解的方法使细胞从组织中游离下来，生物化学研究我们先把组织打成匀浆，把大分子独立开来，做芯片研究我们也想法把蛋白质等分离开来。所以我们发现的是细胞与分子的独立状态下的属性。那么，分子的哪些属性在组织中将被抑制？哪些属性只有在组织中才被激发出来（单独分子是没有这种属性的）？

[U][I][B]这是不是一个划时代的问题？用整合论的方法能探讨这个问题吗？[/B][/I][/U]

也许，等半年以后，我可以提出一大堆关于整合论的具体应用方面（甚至临床方面的），但年轻人应有自己的创造性思维和工作，应在学术上建立自己的功劳。

yuanyg

学科之间的对话与交流真是太重要了！  谢谢包老的回复！

以后还要多多向包老讨教，呵呵：） ！

老包

YUAN,

发挥你的信息学和逻辑思维优势，认真思考一下整合问题。或先让我们选择一个合适的课题，也可以是你工作中的遇到的较重要的信息和知识处理问题，共同作些探讨。生物医学的专业问题可以一起商量。希望你取得成绩。

科学前面没有现成之路,一切在于开创.

熟透番薯

包老,yuanyg,能介绍一些本体论方面的基本知识或概念吗?我们平时接触得比较少.谢谢.

老包

本体(ontology)的定义颇多争论,莫衷一是.我写信去问Musen,他的回答是"本体是用框架方法表示的概念".我觉得这个定义不够全面,没有回答问题的实质.

但定义本身并不重要,大家也并不愿意做太多的争论.很多情况下当问到为什么要用"本体"一词,人们往往说"因为大家愿意用ontology这一词"搪塞一下,不愿意多作解释.

本体原是一个哲学的概念,是一个十分空泛的概念,几乎相当于"存在"本身.当前被用于知识工程中,我的理解与受软件工程的发展方向改变影响有关.软件工程以前"面向过程",面向具体解决的问题,结果全世界忙乎了几十年,几乎什么都没有留下,无法维护和发展.后来提出"面向对象",对象一词开始也使我非常迷茫.但实际做法是"挑最基本的最重要过程单元"先做.结果开发了很多软件"标准件",使你们年轻一代免受我辈"一切从头开发之苦".这影响了知识库的开发,所以大家就开始热衷于开发知识"标准件",本体的实质就在于此.目前大家都在为知识工程的"黄金时代"的到来做准备.医学领域也如此.

你也可以读一下我最近翻译并发表于论坛的文章,就能明白开发本体的宗旨.

熟透番薯

多谢多谢!应该说是一种方法论,可能有点类似面向对象技术,是吧?

apple

I think the ppt is talked about the Datawarehouse technology on the IT aspect.

In the page 10, the 'Ontology Server' is just something like a ETL(Extract, Transform and Load) tools.

In datawarehouse, there maybe some data mart in which the data is organized by topic for analysis. The data in datawarehouse is exacted, tranformed and loaded from some heterogeneous systems/sources.

It is common scense these days to use this technology to integrate the hoterogeneous information in enterprise wide.


The technology of datawarehouse (including the ETL tech) is matured fast in the past few years, especially, in the telecom & finance industry, there are lot of successful cases.

However, the IT technology is only one key aspect for successful. For healthcare, the deep insight of the industry is also very very important.