看了包教授的《医学信息学》,四个问题探讨

江湖夜雨 · 发表于 2005-11-8 18:50:48

各位，我是新来的，主要是看了包含飞教授主译的《医学信息学》，受其影响而介入医学信息学。本人原主要从事IT中有关数据仓库和MIS系统的开发，最近在一从事健康产业的公司负责技术支撑。包教授的《医学信息学》中有一句话：“医学知识库(电子式)推广普及可能带来医学信息传播的革命，其作用也许相当于印刷术给数据传播带来的革命。”让我热血沸腾。
<br> 下面几个问题探讨：
<br> 一、要实现医学数据的标准化，首先是编码和分类以及医学术语的规范。目前国内医院用的分类为IDC10,在术语方面有SNOMED,但我目前还没有找到有关RCC的中文版。目前我们国内是否有有关分类和医学标准术语的研究机构？依我在IT方面的经验，医学术语方面的标准化是是数据成为信息、成为知识的关键点。
<br> 二、如何描述一个医学案例，实现医学案例可以通过计算机进行统计？从某种意义上说，目前每个个体的情况都是发生过的，如果我们能积累一定量的医学案例，结合包教授所说，如果计算机处理能力足够快，我们就有可能实现对新出现的病症的“模拟诊断”，并达到高的准确率。我们如何把一个医学案例的过程标准、有序地记录呢？
<br> 三、医学已经逐步发展为“以病人为中心"，这就要求我们不仅是记录病人的临床信息，而且要记录他作为一个社会人的相关信息(从这个意义上说，我更喜欢把电子病历翻译为CPR,而不是EMR)。请教各位，如何实现一般的医学记录和CRM中客户关系管理的结合？
<br> 四、在《医学信息学》有关“一个临床信息系统的体系结构”的图示是一个非常好的体系结构，但个人感觉对医学知识库的描述可能还需要补充，只有医学实体字典部分内容。一个医学知识库应该有案例库、有一般的医学病理学逻辑库甚至是专家决策系统。QMR可以作为一个基础。
<br>

江湖夜雨 · 发表于 2005-11-8 20:08:03

刚才在看了包教授翻译的《结构化数据输入的新研究》，该文提出”有效性必以牺牲可变性为代价，而可变性将会牺牲有效性“这样一个悖论。在我看来，对于计算机而言，其”可变性“从来都是基于”穷举“的基础上的。”公共结构“由于只要计算机的支撑就基本可以实现，相对来说已经成熟。”量体裁衣“部分就难了，需要医学、语言学、计算机科学甚至是哲学和管理学(需要哲学的抽象和管理学的2/8原则等)。目前对我来说的考验在于，我熟悉计算机，但对医学不甚了了。希望各位指导。

老包 · 发表于 2005-11-8 20:54:09

<p><div class='quotetop'>引用

江湖夜雨 @ 2005-11-08 20:08)</div><div class='quotemain'>刚才在看了包教授翻译的《结构化数据输入的新研究》，该文提出”有效性必以牺牲可变性为代价，而可变性将会牺牲有效性“这样一个悖论。在我看来，对于计算机而言，其”可变性“从来都是基于”穷举“的基础上的。”公共结构“由于只要计算机的支撑就基本可以实现，相对来说已经成熟。”量体裁衣“部分就难了，需要医学、语言学、计算机科学甚至是哲学和管理学(需要哲学的抽象和管理学的2/8原则等)。目前对我来说的考验在于，我熟悉计算机，但对医学不甚了了。希望各位指导。</div><br /></p><p>首先热烈欢迎<strong>江湖夜雨</strong>带着朝气和激情进入我们的领域。可以看出是一个非常善于思考的学子。医学信息学究竟是什么，如何在我国这一社会文化背景发展壮大，这是一个漫长的故事。我们可以慢慢地边品茶，边细讨。</p><p> </p><p>第一点要说的医学并不难学，大都内容通俗易懂，靠死记硬背，IT背景人员根本无须惧怕。但从信息学角度理解医学就难了，可以说是天下第一难题。计算机在形式系统中非常成功，获得骄人的成就，但在医学中则不然，小孩子一个。机体这玩意可不是一般的对象或物体。就是你所说的“<strong><font size="3">量体裁衣部分就难了</font></strong>”。但医学的难点却却就在“量体裁衣”部分，在个性部分。个性部分是非共性部分即无规律可循部分，严格讲非规律的内容就是非科学部分（科学研究的是规律）。所以IT人员放弃原来的严密的形式思维习惯，重新来认识机体，我倒认为非常重要。</p><p> </p><p>总之，我理解医学信息学是一门最具挑战性的学问，它不仅仅是谋生的手段。反正我这100多斤是献给她了。请你读一读我的整合论，虽然无有大成就，但却这是我苦苦思索的结果。欢迎对其中的议题进行深入探讨。</p><p> </p><p>医学信息学正孕育着全新的哲学降生。</p><p> </p><br><br><br><div><font class='editinfo'>此帖由老包在 2005-11-08 21:17 进行编辑...</font></div>

n1703005 · 发表于 2005-11-9 00:40:04

包教授说得很好。这里我想补充一下从一个IT人员看医学信息的感觉。
<br>
<br>医学信息的一个显著特点就是众多概念之间错综复杂的继承、关联、延伸等等关系。从信息学角度理解医学，我更愿意理解为用信息学的架构去阅读医学。ontology目前被认识是一个能很好阅读、搭建医学信息的方法，鉴于此，如果你是一个有IT背景的人员，或者说是有OOP(object oriented programming)经验，那相对于别人，你将更容易去理解。因为两者都是基于object-oriented design的哲学思路上的（必须说明的是，两者是不同的！但作为IT人员你可以这样去帮助理解）。只是OOP中class的property是为了描述operation而设置的，而ontology中class的property是为了描述structure而设置的。
<br>
<br>我就不举例子了，相信当你自己给自己举出例子的时候就是豁然开朗的时候了 <img src='images/smiles/laughing.gif' smilietext=':laughing:' border='0' style='vertical-align:middle' alt=':laughing:' /><br><br><br><div><font class='editinfo'>此帖由 n1703005 在 2005-11-08 17:51 进行编辑...</font></div>

江湖夜雨 · 发表于 2005-11-9 10:07:17

1、感谢包教授的指导和无私的提供帮助，BMKI我将花一段时间好好学习和消化，以便提出具体的问题与包教授探讨(今日看了第一章<概念性本体、实验性本体和罗盘-灯塔式本体>，其中的个体性知识和群体性知识的分类给我很好的思维指导)。
<br>
<br>2、ONTOLOGY研究不多，看来要深化一下。n1703005提出的OOP和ONTOLOGY的比较给我一个好的学习方向和学习思路，让我可以利用现有的积累来理解和学习新东西。但提出一个商榷：“只是OOP中class的property是为了描述operation而设置的。”这个表述可能不是非常严谨。在OOP中的CLASS的PROPERTY(更准确的词汇应该是attribute)主要还是描述属性的，而不是操作性的。CLASS中的Method(方法)才重点是用来描述操作的。
<br>
<br>3、“医学信息学正孕育着全新的哲学降生”，诚如斯言！个人认为医学信息学提供了这样的一个结合点：物质与意识的结合；生理与心理、社会的结合；数学、计算机科学与医学的结合；具体思维与抽象思维的结合；哲学的形而上与作为生物个体的形而下的结合……<br><br><br><div><font class='editinfo'>此帖由江湖夜雨在 2005-11-09 10:22 进行编辑...</font></div>

老包 · 发表于 2005-11-9 12:34:40

<p> </p><p>非常高兴论坛上正在出现一批热爱思考、善于思考的青年学子,这使我大感欣慰。</p><p>我故知医学信息学绝非平坦之路，但我钟爱的正是她的艰难和险阻，偏爱她的一路神奇的风光，偏爱其充满“柳暗花明又一村”的感觉。</p><p>但献身于此的学子要有心理准备，要明白我面临的“对手”决非一般对象，我们面临的逻辑也决非是亚里士多德式的逻辑，在机体中“概念”这一概念就与一般逻辑不同，比如最简单的等价关系，在机体中概念A不等于概念A，概念B不等于概念B的现象司空见惯，例如一个细胞的对一个因子的反应就受例如物种进化因素，年龄状态，身体状态，细胞周期状态，耐药性状态，细胞本身的生命周期，...因素影响，不胜枚举。所以机体的繁-简转化律就是头等重要的待开发领域。此类极富挑战性的涉及人类前途的课题在医学信息学中比比皆是，......</p><p> </p><p>俗话说“不具金刚钻，不拦瓷器活”，我这里的意思并非指我们有多大本事，意思是要以非常认真的态度去探索。由于长期的现代科学的熏陶，我们中国人已学会了严谨的科学方法，加上我们民族固有的吃苦耐劳和崇尚智慧的传统，我想我们中国人已开始不满足一味搞“跟风科学”的做法，我们已开始尝试闯出自己的一片科学新天地，而医学信息学正是这样一块值得光顾的处女地。</p>

江湖夜雨 · 发表于 2005-11-9 18:32:12

1、感谢包教授的鼓励。
<br>
<br>2、"在机体中“概念”这一概念就与一般逻辑不同"这个问题在很多时候是存在的。我受n1703005的启发，做个不一定恰当的比较，如：在软件中，我们定义了“man”这个类，但是不同的人还是不同的，有男人、女人、小孩、老人、青年甚至残疾人。在概念上可以用抽象的类(calss)和具体的实例(instace)来实现。也就是说，首先有一个通用意义上的类，这个类描述了共有的属性和方法，然后通过继承和派生来完成个性化的东西。同时，"man"这个类还可以有子类：如：Eye 类
<br>BODY 类等等。不知是否可以借鉴到对医学信息学的理解上面。
<br>
<br>3、对于从事医学信息学存在的困难，是“最具挑战性的学问”，但只要有价值，就是值得我们进行努力的。这个学科独特的跨学科性，使我们可以一起交流。在贸易行业中有一句话：“不同行业的人一起交流本身就可以产生'黄金'”(大意如此)，大家都各抒己见，有包教授等的指点、指导，相信大家都能有收获。

老包 · 发表于 2005-11-9 19:23:03

<p><div class='quotetop'>引用

江湖夜雨 @ 2005-11-09 18:32)</div><div class='quotemain'>2、"在机体中“概念”这一概念就与一般逻辑不同"这个问题在很多时候是存在的。我受n1703005的启发，做个不一定恰当的比较，如：在软件中，我们定义了“man”这个类，但是不同的人还是不同的，有男人、女人、小孩、老人、青年甚至残疾人。在概念上可以用抽象的类(calss)和具体的实例(instace)来实现。也就是说，首先有一个通用意义上的类，这个类描述了共有的属性和方法，然后通过继承和派生来完成个性化的东西。同时，"man"这个类还可以有子类：如：Eye 类 <br />BODY 类等等。不知是否可以借鉴到对医学信息学的理解上面。 </div></p><p>此言有理，确实是因为概念过于综合的缘故，可以通过连续细分为更多的子类来解决。</p><p>但也可能会遇到新的挑战，例如分类爆炸，is-a抽象分类中，类的定义属性集合你中有我，我中有你，错综复杂，此外还有part-of细分法，而part-of可以是空间的或结构的，也可以是时间的，还可以是过程的。难以避免繁-间转化的这一核心问题。我们可以一个一个专题地加以探讨，为医学信息学作出贡献。</p><p> </p><p><br /> </p>

江湖夜雨 · 发表于 2005-11-12 09:36:27

包教授在《本体与解决问题方法-知识整合论》提出智能化计算机系统看作有4个基本概念组成部分：
<br>(1) 专业本体学，它定义应用领域的主要概念及相互间的关系；
<br>(2) 详细的专业知识库，包括关于（用专业本体学表示的）领域的一组命题；
<br>(3) 问题解决方法，编码抽象的、可能非专业依赖性算法，可自动完成系统任务；
<br>(4) 映射集合，规定用专业本体学表达的概念和相应的知识库如何满足具体的问题解决方法的输入-输出的需要
<br>
<br>这是指导医学信息学的基本原则

n1703005 · 发表于 2005-11-15 00:46:17

<div class='quotetop'>引用

江湖夜雨 @ 2005-11-09 03:07)</div><div class='quotemain'>但提出一个商榷：“只是OOP中class的property是为了描述operation而设置的。”这个表述可能不是非常严谨。在OOP中的CLASS的PROPERTY(更准确的词汇应该是attribute)主要还是描述属性的，而不是操作性的。CLASS中的Method(方法)才重点是用来描述操作的</div>
<br>
<br>这里的property只是泛指class的性质，而不是attribute。可能我的表达不太好，其实应该这样说，
<br>OOP centers primarily around methods on classes, so the programmer makes design decisions based on the operational properties of a class, whereas an ontology designer makes these decisions based on the structural properties of a class. As a result, a class structure and relations among classes in an ontology are different from the structure for a similar domain in OOP.
<br>
<br>简而言之，用你的例子，就是说OOP侧重于eye是干什么的，body是干什么的；而ontology是说eye和body之间可能存在的关系是什么。虽然不是很确切，希望能帮助你理解。

南京猿人 · 发表于 2005-11-15 05:58:56

<div class='quotetop'>引用

江湖夜雨 @ 2005-11-08 12:08)</div><div class='quotemain'>刚才在看了包教授翻译的《结构化数据输入的新研究》，该文提出”有效性必以牺牲可变性为代价，而可变性将会牺牲有效性“这样一个悖论。在我看来，对于计算机而言，其”可变性“从来都是基于”穷举“的基础上的。”公共结构“由于只要计算机的支撑就基本可以实现，相对来说已经成熟。”量体裁衣“部分就难了，需要医学、语言学、计算机科学甚至是哲学和管理学(需要哲学的抽象和管理学的2/8原则等)。目前对我来说的考验在于，我熟悉计算机，但对医学不甚了了。希望各位指导。</div>
<br>
<br>这篇文章是我荷兰老板2000年写的，这个概念随着动态结构的出现，有些更新，即在静态模板后封装一个知识库，以嵌入式对象的方法解决。

dongxi · 发表于 2005-11-15 11:08:47

猿人您好，在您上面的这段描述中，“知识库”的具体定义是什么？——有太多关于知识库的定义了!!很多人将知识库理解为条目池(item pool)<br><br><br><div><font class='editinfo'>此帖由 dongxi 在 2005-11-15 11:23 进行编辑...</font></div>

江湖夜雨 · 发表于 2005-11-17 18:13:02

<div class='quotetop'>引用

南京猿人 @ 2005-11-15 05:58)</div><div class='quotemain'>这篇文章是我荷兰老板2000年写的，这个概念随着动态结构的出现，有些更新，即在静态模板后封装一个知识库，以嵌入式对象的方法解决。</div>
<br>
<br>一般来说，知识库具体的内容有包含什么？是条目库、专家知识库还是……
<br>嵌入式对象在后续的数据分析部分是否有困难？

南京猿人 · 发表于 2005-11-18 03:41:33

知识库的东东，说来话长。大家有空可以多看看人工智能的一些杂志，有些帮助。专家型知识库，那只是其中的一种。Google scholar: knowledge repository
<br>
<br>嵌入式对象在后续的数据分析部分是否有困难？
<br>
<br>有，所以绝对的灵活是无法实现的，把大型模板基于本体的描述逻辑小型化，然后case-reasoning嵌入的组件。重构成新的模板。大家都期望speech recognition未来有所作为。比如医生问诊的时候，有一个问题库，问题库的问题和录入模板动态绑定，问诊完成之后，医生录入的时候，模板已经根据问题预处理了。很多东西我也在想，如果你有什么建议，不妨说来听听。<br><br><br><div><font class='editinfo'>此帖由南京猿人在 2005-11-17 22:41 进行编辑...</font></div>

江湖夜雨 · 发表于 2005-11-19 01:42:01

1、最近我在搞一个辅助进行健康管理和健康咨询的系统，类似QMR的东西。目前主要是基于形式逻辑的方式进行检索(也就算字符串简单匹配了)，发觉非常不理想。目前条目库借鉴了SNOMED，在知识库的建立方面考虑通过本体描述进行。
<br>
<br>2、由于我们有电话咨询，也在考虑speed recognition,因为我们有电话录音,目前speed recognition的最新进展如何？我目前的了解，还无法对两个相对陌生的人的对话进行转化(咨询专家可以进行相关的适应性学习，但用户无法处理，同时还有医学术语问题)。
<br>
<br>3、对于GOOGLE的搜索机制，不知各位是否有研究？

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