生物医学知识整合论漫谈

老包 · 发表于 2006-10-9 22:13:12

[quote=Frank HK,2006-10-09 21:24] 软件工程及其内部分工，对知识的意性成分和物性成分之分的解决成本至今并没有显著的竞争力，虽然解决方法层出不穷，但仍然受阻于复杂度指数增加，市场也未积极认同。我亦在这方面吃了多年苦头，看到包老师召集这方面话题，遂上来讨教一、二，希望通过大家优势互补，使痛苦有所缓解。 [/quote] 如果能提供一些实例,那么讨论起来就针对性较强。这问题不仅很有实用意义，并且对心智科学的探讨有深刻意义。

老包 · 发表于 2006-10-10 10:40:51

[quote=Frank HK,2006-10-09 21:24] 仍然受阻于复杂度指数增加，市场也未积极认同。我亦在这方面吃了多年苦头， [/quote] 为什么不把它视为创业和立论的挑战和机会,并大力做好市场工作.

Frank HK · 发表于 2006-10-10 11:38:24

[JAVA对知识结构有两种表示：类和接口，前者偏于物性成分，因此可以“实例化”，后者偏于意性成分（抽象结构），因此不能“实例化”。]软件工程本身，已经开始发现，处理上述问题，并无特别优势，正在引进新的行业分工进行尝试。显然，这也不是知识整合力所能及的，离生物医学知识整合就更远了。 如：10年前有尿酸单项超标的个体，截止当前的轻度痛风，是如何演变？10年后的时点上，一般的状态又将如何？将会如何演变？哪些因素能够影响演变？在能够影响演变的因素中敏感性排序如何？排序并不靠前的因素中哪些最有可能突变成为演变的关键因素？有可能引起突变的诱因又是什么？...如果上述一切能够解决，还要可能继续从头来过，解决如何用到第2个人、第2国人、男人、女人、老人、少人...以此降低知识的供给成本，凡此种种，都是知识的供给者要出成品，才能够为知识的使用者所接受，才有市场。其间，会涉及到n个类、n个接口、n种关系、n个组合方式、n个子系统...派生出n维复杂性，怎一个软件工程了得，又怎一个知识整合了得。 <div>此帖由 Frank HK 在 2006-10-10 16:06 进行编辑...</div>

老包 · 发表于 2006-10-10 14:04:36

[quote=Frank HK,2006-10-10 11:38] [JAVA对知识结构有两种表示：类和接口，前者偏于物性成分，因此可以“实例化”，后者偏于意性成分（抽象结构），因此不能“实例化”。]软件工程本身，已经开始发现，处理上述问题，并无特别优势，正在引进新的行业分工进行尝试。显然，这也不是知识整合力所能及的，离生物医学知识整合就更远了。 [/quote] 如果我没有理解错的话，我理解你的意思是现在的本体强调以＂领域＂（或行业）为中心，建立个领域自身的本体，因为这样的本体及其操作比较保险。但这还是权宜之计，就象医学细分到“口腔黏膜专科”一样。人们已意识到这违反了生物系统整体性的本质。所以人们并没有停止对生物大系统的追求。试想假如我们为生物医学建立了五亿个本体，而我们却不研究它们之间的相互关系（整合论），那么它们与知识垃圾或知识污染有什么区别？我们知识整合论主张无论你分工多细，相互之间的关系、关联、区别原则、领域背景与领域背景......等研究应加强。并且我的理解知识整合就是一个大产业，考虑市场，不能光从国内考虑，我们已参加WTO，世界市场早已包括了中国市场，为什么我们不可以考虑国际市场。OpenClinic的白皮书说的很清楚，没有知识工程的支持，医生已不可能有效的诊治疾病。医患的信息对称关系正在发生变化，医生的诊治的合理性和有效性不可能永远没有鉴定。这是社会发展的必然，对广大病人也是个“harmonious”的问题。

Frank HK · 发表于 2006-10-10 15:53:23

包老师，请看我在20楼更新的例子。即便是研究本体之间的相互关系，仍然存在分工的必要。试想，本体之间的相互关系，谁的理解更有优势？是本体？还是本体以外？本体之间的相互关系要不要管理？谁去管理？怎样管理？...如果不分工，谁的事情也做不好。强烈建议：生物医学知识整合论，瘦身、瘦身、再瘦身，发挥生物医学知识整合无可替代的比较优势，为大家所用。

老包 · 发表于 2006-10-10 16:36:35

[quote=Frank HK,2006-10-10 11:38] 如：10年前有尿酸单项超标的个体，截止当前的轻度痛风，是如何演变？10年后的时点上，一般的状态又将如何？将会如何演变？哪些因素能够影响演变？在能够影响演变的因素中敏感性排序如何？排序并不靠前的因素中哪些最有可能突变成为演变的关键因素？有可能引起突变的诱因又是什么？...如果上述一切能够解决，还要继续从头来过，解决如何用到第2个人、第2国人、男人、女人、老人、少人...以此降低知识的供给成本，凡此种种，都是知识的供给者要出成品，才能够为知识的使用者所接受，才有市场。其间，会涉及到n个类、n个接口、n种关系、n个组合方式、n个子系统...派生出n维复杂性，怎一个软件工程了得，又怎一个知识整合了得。 [/quote]哈哈! Frank HK看来要将我的军了。但你的问题确实非常有意义，我特别赞赏这种来真格的作风。但提问题容易回答难，容我慢慢回答你。其实我们整合论是一门非常有意思的学问，可惜几乎没有人愿意仔细阅读。我先介绍一下BMKI的所谓物理（力）整合的概念，其他问题我们以后再讨论。打个比方，物理（力）整合是说“一头蛮牛浑身蛮力，又凶悍无比，满脑子恶念；而牛主人要它把所有的恶念变成一个善念：乖乖的拉磨”，最后的整合方法竟十分简单，在牛鼻子上穿条绳子，最终一切解决了，却没有发生任何知识整合爆炸。现在我们思考一下，这一整合过程的原理何在？

Frank HK · 发表于 2006-10-11 10:42:57

[quote=老包,2006-10-10 16:36] 打个比方，物理（力）整合是说“一头蛮牛浑身蛮力，又凶悍无比，满脑子恶念；而牛主人要它把所有的恶念变成一个善念：乖乖的拉磨”，最后的整合方法竟十分简单，在牛鼻子上穿条绳子，最终一切解决了，却没有发生任何知识整合爆炸。现在我们思考一下，这一整合过程的原理何在？ [/quote] 感<personname w:st="on" productid="谢包" />谢包</personname />老师为论坛营造轻松愉快的气氛！这，很难得，也是成功应有的元素。上述例子很有意思。但是，作为整合方法，没有典型意义。因为上述例子中的整合发生在静止维度，目前的知识认知，静止维度的复杂性并无障碍。由羊在牛鼻子上穿条绳子；或一条绳子穿100头牛，乖乖的拉磨，是当前整合所面临的复杂性难度，但也不是最难的，因为维度变化并不足够高。让一个恶棍迫于法律后果不敢犯罪，没有复杂度；但让多头牛迫于法律后果乖乖的拉磨，有复杂度。<span style="FONT-SIZE: 10.5pt; FONT-FAMILY: 宋体; mso-ascii-font-family: " new="" times="" ?times="" roman?;="" mso-bidi-font-family:="" mso-hansi-font-family:="" mso-bidi-language:="" mso-fareast-language:="" 12.0pt;="" mso-bidi-font-size:="" mso-ansi-language:="" 1.0pt;="" mso-font-kerning:="" en-us;="" zh-cn;="" ar-sa?="">我仍然不明白整合论到底整合什么？怎么整合？ <div>此帖由 Frank HK 在 2006-10-11 10:58 进行编辑...</div>

老包 · 发表于 2006-10-12 10:07:08

[quote=Frank HK,2006-10-11 10:42] 感<personname productid="谢包" w:st="on" />谢包</personname />老师为论坛营造轻松愉快的气氛！这，很难得，也是成功应有的元素。上述例子很有意思。但是，作为整合方法，没有典型意义。因为上述例子中的整合发生在静止维度，目前的知识认知，静止维度的复杂性并无障碍。由羊在牛鼻子上穿条绳子；或一条绳子穿100头牛，乖乖的拉磨，是当前整合所面临的复杂性难度，但也不是最难的，因为维度变化并不足够高。让一个恶棍迫于法律后果不敢犯罪，没有复杂度；但让多头牛迫于法律后果乖乖的拉磨，有复杂度。<span style="FONT-SIZE: 10.5pt; FONT-FAMILY: 宋体; mso-ascii-font-family: " ar-sa?="" zh-cn;="" en-us;="" mso-font-kerning:="" 1.0pt;="" mso-ansi-language:="" mso-bidi-font-size:="" 12.0pt;="" mso-fareast-language:="" mso-bidi-language:="" mso-hansi-font-family:="" mso-bidi-font-family:="" roman?;="" ?times="" times="" new="">我仍然不明白整合论到底整合什么？怎么整合？ [/quote] [/quote] 好象有点偏题了。问题1:＂静止维度”：＂维度＂是观察问题，思维问题或影响系统的轴向，我不知道有"静止维度"和运动维度"之分；问题２：＂羊在牛鼻子上穿条绳子＂，＂让多头牛迫于法律后果乖乖的拉磨，有复杂度＂也没有＂复杂度＂，＂让一只羊写一部小说超过红楼梦才有复杂度＂！问题３：“让一个恶棍迫于法律后果不敢犯罪，没有复杂度：我必须提醒你，机体可没有你那么天真，赌什么＂复杂度＂。＂物理力整合＂在生物机体处处存在，不仅典型而且普遍。一些因果关系可以强制废止或极度放大另一些因果关系，这在机体系统非常普遍，也是我们BMKI非常重视的重大课题。也许正是很多人不理解我们整合论不仅研究理性整合，也研究非理性整合，更研究理性与非理性之间的转化，（被称为灯塔－罗盘策略），所以始终不相信整合论能有所作为。他们没有深刻理会到“知识整合可以导致知识爆炸，也可导致反知识爆炸”的双向性。但正如大家所看到的这并没有影响整合论自身的发展。 <div>此帖由老包在 2006-10-12 10:43 进行编辑...</div>

Frank HK · 发表于 2006-10-12 11:10:14

谢谢包老师。有些解渴了。特别是关于突变的解释。[quote=老包,2006-10-12 10:07] 他们没有深刻理会到“知识整合可以导致知识爆炸，也可导致反知识爆炸”的双向性。[/quote] 这正是升维和降维的真实写照。当人们面临复杂问题困扰，通常可以用升高维度的方法局部缓解，但是，往往也使问题变的更复杂，相当于饮鸩止渴。真正有意义的，是降低维度的方法，使本来不在一个层面上的人，可以方便的在同一个层面上参与分工处理相关问题。我不明白的是：知识整合，是研究方法；还是研究问题。谢谢，包老师指教。 <div>此帖由 Frank HK 在 2006-10-12 11:18 进行编辑...</div>

老包 · 发表于 2006-10-12 13:44:35

[quote=Frank HK,2006-10-12 11:10] 我不明白的是：知识整合，是研究方法；还是研究问题。 [/quote] 我更愿意把知识整合论解释为一种研究方向，一种着重研究以前被我们忽视了的重要问题的研究方向。我们应该承认，还原论为现代科学大厦立下了丰功伟绩，并且还在继续为此作出重大贡献，这是不可抹杀的。它对生物医学的贡献也是无与伦比的。应该说还原论有其哲学合理性，很多问题确实仅靠还原论就能解决了。但随着科学的飞速发展，还原论或唯还原论的弱点越来越显示出来了。已经发现的和将要发现的海量知识之间的关系及其应用越来越复杂。将要建立的本体会越来越多，本体与本体的关系也会越来越复杂，如果没有认真彻底的理论探索，恐怕我们的初衷未必能实现。除了理论探讨以外，我也希望研究并建立位于诸多本体深部的与诸多本体的行为密切相关的一些更为基础的本体（或称为元本体或本体的本体）。当然我们也希望结合解决生物医学具体问题来发展我们的理论，但BMKI不会走唯实用论的道路，BMKI不会忘记其探索理论的使命。因为理论研究可以覆盖更大范围的使用问题。我一直希望我们论坛能在这方面为当今生物医学知识工程起到独特作用，但现在我有点失去信心了。坦率地讲，我觉得论坛上不少年轻人的“思想年龄”比我“老”得多。我最希望这是个错觉．

ironstone · 发表于 2006-10-12 22:19:31

[quote=老包,2006-10-12 13:44] 我一直希望我们论坛能在这方面为当今生物医学知识工程起到独特作用，但现在我有点失去信心了。坦率地讲，我觉得论坛上不少年轻人的“思想年龄”比我“老”得多。我最希望这是个错觉． [/quote] 套用一句老话,"前途是光明的,道路是曲折的"，应该感谢包老对我们的鞭策，不过我觉得信心还是要有的。我想即便有不少年轻人的思想年龄要老，但我们还是会有很多新鲜血液的，同时我们还是需要很多积累，需要建立一个视野更宽广和资源更加深厚的平台来扶持和支持这些工作。作为论坛正在争取逐步由局限于网络的交流，局限于医学信息本身的交流，局限于实用性的交流扩展到现实和网络互动的面对面的交流，医学信息和其他学科与理论的融合的交流、理论与实践相互结合的交流，下半年正在积极开展一些工作，希望能够让大家慢慢看到一些改变。

老包 · 发表于 2006-10-13 08:47:54

上托天地,下赖父母，来人生一游。该做点什么！别以为西方人的人生是金子做的，而我们的人生是泥巴做的。相信我们也能发光。

老包 · 发表于 2006-10-13 20:42:25

一个初步的切实可行的思路正在形成：建立人体元结构本体（系列性，层次性），作为突破口。希望（1）W3等团体还没有覆盖这方面内容，保证我们的工作不是重复别人的工作；（2）支持解剖学本体“Anatomist”,进而支持医学知识处理；(3)尽快掌握语义web或本体web的实现技术，尽早启动起来；（4）希望我们论坛能保持和发展这块领地；（5）与知识理论研究相结合。

Frank HK · 发表于 2006-10-14 09:46:35

[quote=老包,2006-10-12 10:07] 一些因果关系可以强制废止或极度放大另一些因果关系，这在机体系统非常普遍，也是我们BMKI非常重视的重大课题。[/quote] 这两天，仔细研究包老师上述关于突变的解释。在SAFE工具上建立了两个模型，1、BMI身体质量指数；2、标准体重。<table style="WIDTH: 484px; HEIGHT: 224px" cellspacing="0" cellpadding="0" width="484" border="1"><tbody><tr><td> 序号/模型属性</td><td> BMI身体质量指数</td><td> 标准体重</td><td> 备注</td></tr><tr><td> 1、模型用户</td><td> 体重敏感者</td><td> 体重敏感者</td><td> </td></tr><tr><td> 2、节律</td><td> 超年</td><td> 超年</td><td> </td></tr><tr><td> 3、图谱内容</td><td> 坐标，标准线，对照线</td><td> 坐标，标准线，对照线</td><td> </td></tr><tr><td> 4、公式（个）</td><td> 6</td><td> 4</td><td> </td></tr><tr><td> 5、参数变量（个）</td><td> 3</td><td> 2</td><td> </td></tr><tr><td> 6、结果变量（个）</td><td> 2</td><td> 1</td><td> </td></tr><tr><td> 7、调用顺序</td><td> 3</td><td> 2</td><td> </td></tr><tr><td> 8、演变趋势</td><td> 有</td><td> 有</td><td> </td></tr><tr><td> 9、超标后果集</td><td> 5 </td><td> 5 </td><td> </td></tr><tr><td> 10、原因集</td><td> 3 </td><td> 3 </td><td> </td></tr><tr><td> 11、突变条件集</td><td> 不知 </td><td> 不知 </td><td> 疑与原因集有关</td></tr></tbody></table>希望在突变条件集，得到老师的指导。

老包 · 发表于 2006-10-14 10:16:47

[quote=Frank HK,2006-10-14 09:46] 这两天，仔细研究包老师上述关于突变的解释。在SAFE工具上建立了两个模型，1、BMI身体质量指数；2、标准体重。<table style="WIDTH: 484px; HEIGHT: 224px" cellspacing="0" cellpadding="0" width="484" border="1"><tbody><tr><td> 序号/模型属性</td><td> BMI身体质量指数</td><td> 标准体重</td><td> 备注</td></tr><tr><td> 1、模型用户</td><td> 体重敏感者</td><td> 体重敏感者</td><td> </td></tr><tr><td> 2、节律</td><td> 超年</td><td> 超年</td><td> </td></tr><tr><td> 3、图谱内容</td><td> 坐标，标准线，对照线</td><td> 坐标，标准线，对照线</td><td> </td></tr><tr><td> 4、公式（个）</td><td> 6</td><td> 4</td><td> </td></tr><tr><td> 5、参数变量（个）</td><td> 3</td><td> 2</td><td> </td></tr><tr><td> 6、结果变量（个）</td><td> 2</td><td> 1</td><td> </td></tr><tr><td> 7、调用顺序</td><td> 3</td><td> 2</td><td> </td></tr><tr><td> 8、演变趋势</td><td> 有</td><td> 有</td><td> </td></tr><tr><td> 9、超标后果集</td><td> 5 </td><td> 5 </td><td> </td></tr><tr><td> 10、原因集</td><td> 3 </td><td> 3 </td><td> </td></tr><tr><td> 11、突变条件集</td><td> 不知 </td><td> 不知 </td><td> 疑与原因集有关</td></tr></tbody></table>希望在突变条件集，得到老师的指导。 [/quote] 我想一定是很有趣的问题。但我还不甚理解，能否解释一下。论坛上讨论或通过mail讨论都可以。

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