医学信息学研究经典论文选登

zilu85 · 发表于 2006-10-17 16:31:05

选取JCR上关于MI的IF值最高的前四名的医学信息学期刊，从SCI上下载引文数据，统计引文出现频次，抽取其中的高频被引论文，进行同被引聚类分析，了解当前医学信息学研究的热点；并对其按照发表时间排序，勾勒出医学信息学的发展历史。Journal of the American Medical Informatics Association : JAMIAMethods of information in medicineInternational journal of medical informatics<span lang="EN-US" style="FONT-SIZE: 10.5pt; FONT-FAMILY: "Times New Roman"; mso-font-kerning: 1.0pt; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA; mso-fareast-font-family: 宋体">Medical informatics and the Internet in medicine<span lang="EN-US" style="FONT-SIZE: 10.5pt; FONT-FAMILY: "Times New Roman"; mso-font-kerning: 1.0pt; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA; mso-fareast-font-family: 宋体">将全部相关文献的引文（即参考文献）共计96251篇套录下来，运用自编的文献计量学统计分析软件统计这些引文的出现频次，将这些引文按照它们的被引用的频次由高到低排序，截取其中被引用频次高于40次的引文42篇，作为表现当前与MI有关的热点文献。<span lang="EN-US" style="FONT-SIZE: 10.5pt; FONT-FAMILY: "Times New Roman"; mso-font-kerning: 1.0pt; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA; mso-fareast-font-family: 宋体">（待续）

zilu85 · 发表于 2006-10-17 16:32:11

纵观按照发表年代排序的高频被引文献，可以发现医学信息学研究的历史进程经历了从系统开发到医学数据和概念的表达到医学知识运算的过程，也就是从硬件系统应用到软件系统内数据、信息和知识的管理。在70年代到80年代，研究的内容主要是开发医院信息系统，如1976年McDonald CJ 等开发的计算机辅助临床决策系统；Miller RA等开发的Internist -1系统。同时也有探讨医学概念如何表达的基础问题。90年代初期，研究的重点放在了电子病历系统，尤其是医嘱录入的问题，以及早期的临床编码词典SNOMED。1994年到1999年，随着美国医学信息学会的刊物《Journal of the American Medical Informatics Association》的创刊，一大批研究成果得以发表。这些研究的主题包括自然语言处理，临床数据表达（词表开发与使用）和医疗知识的计算机运用问题，也有对医疗决策支持系统的评价研究。最后在1998-1999年一体化医学语言系统（UMLS）出现，其中Lindberg DA的论文被引用了136次，在所有高被引论文中排在首位。这条历史线索揭示出医学信息学未来的方向应该是朝着生物医学知识管理和应用发展。

zilu85 · 发表于 2006-10-17 16:33:13

从高被引论文同被引聚类分析的结果可见，当前与医学信息学有关研究的主要内容包括4个方面：1、医学信息学/计算机在临床实践中应用效果的评价分析；2、计算机系统内知识表达和运算；3、自然语言处理；4、电子病案、分类与编码表、概念表达的基础与应用研究。具体内容如下：(1)医学信息学/计算机在临床实践中应用效果的评价分析。该类别可以分为三小类（按照时间顺序列出）：①对于决策支持系统的效果评价。如1976年，MCDONALD CJ发表了《基于协议的计算机提示、医疗保健的质量以及人的非完美性》一文。为了评判是否可以通过计算机对简单的临床事件管理进行预先提示来减少临床错误，作者研究了9位医生对计算机提示的反应。发现预先提示确实可以减少差错，许多差错可能是由于人类在处理数据上的局限性造成的，而不是由于人类可以修正的缺陷造成的。此外，1984年，MCDONALD CJ发表了《从回顾性计算机病历中获取给医生的提示：2年随机试验》一文，介绍作者开发的计算机医学病案系统，并评价分析了该系统对医生行为产生的提示信息的效果。1994年，JOHNSTON ME发表了《计算机临床决策支持系统在医生成绩和患者疗效上的作用：关键性的研究评价》，对有关计算机临床决策支持系统在医生表现和患者疗效上的效果的对照试验的文献进行了综述。结果表明,一些决策支持可能改进医师表现，还需要一些充分设计的研究来评估它们的作用和成本效益, 尤其是在患者的疗效的效果上。1996年，Shea S等发表了《对16例评估门诊预防保健计算机临床提示系统的随机对照试验的荟萃分析》，作者对采用随机对照试验评估计算机提示系统的论文进行了荟萃分析，以此来分析计算机提示系统在门诊预防保健中的整体效率。来自于随机对照研究的表明，受数据驱使的计算机提示系统可以改进门诊预防服务。②计算机化医嘱录入效果的研究。1993年，Massaro TA发表了《在大型学术医疗中心给医师介绍医嘱录入: I. 对组织文化和行为的影响》，介绍了1988年弗吉尼亚大学医学中心开始实施医学信息学系统的情况。整个实施过程遇到了很多预想不到的困难。尤其是文化与行为上的问题，新的系统对原有的规章制度提出了挑战，它打乱了传统的行为方式，强迫人们调整已有的实践常规。作者介绍了出现的问题和这些问题的组织行为基础，分析了教训，记录了已经取得的进展，概括了存在的问题。同年，TIERNEY WM发表了《在微机工作站书写住院病人医嘱：资源利用的效果》，评价微机工作站在书写住院病人医嘱时对卫生保健资源利用情况。结果发现利用微机工作站网络系统书写医嘱显著降低了病人的支出和医院的花费，但与以前填表的做法相比，医务人员使用该系统需要花费更多的时间。还是在1994年，Sittig DF和 Stead WW 发表了《基于计算机的医生医嘱录入：当前进展》，该文介绍计算机医嘱录入当前的进展。③探索医学信息学的研究成果是否可以提高医疗质量，降低医疗费用。1998年，BATES DW发表了《计算机化医生医嘱录入和团队干预在预防严重投药错误上的效果》，通过随机对照试验分析计算机医嘱录入对于预防严重投药错误上的作用。结果发现计算机医嘱录入使投药错误降低一半。同年，Evans RS等发表《抗生素和其他抗感染药物的计算机辅助管理程序》，介绍他们开发的一个与电子病历相连接计算机决策支持系统。该程序显示流行病学信息和详细的建议和警告，为特定的病人的治疗推荐抗感染疗法，并且即时反馈。该程序使开出病人已报告过敏药物的医嘱、过多药量、抗生素易感性误组配等情况明显减少。作者得出了计算机化的抗感染管理程序可以改善医疗质量降低费用的结论。还是在1998年，HUNT DL发表了有关计算机临床决策支持系统在医生绩效和患者疗效上的效果的系统性综述。作者发现临床决策支持系统的研究迅速增多，临床决策支持系统的质量正处于完善中，通过分析发现：临床决策支持系统可以改善药物剂量、预防性保健和医疗保健的其他方面的质量，但是对于诊断方面还欠缺说服力。对于临床决策支持系统对病人治疗结果是否有改善，还没有足够的研究。

zilu85 · 发表于 2006-10-17 16:33:59

(2)计算机系统内知识表达和运算。1982年，Miller RA等发表了《Internist-1：一种实验性的普通内科诊断计算机咨询系统》一文，介绍了一个实验性计算机程序Internist-I并对该程序进行了系统性的评价。评价显示出该程序目前尚不能达到可以在临床放心使用的程度。特别需要解决的问题是程序不能自动或者随时推理，不能对多个领域的诊断做出鉴别，不能解释其“思考”过程等等。1994年，Hripcsak G 在发表了《Arden 句法基本原理》一文，Arden 句法是一种用于在医疗逻辑模块(MLMs)中书写和分享具体任务知识的语言，用于解决不同单位的医学知识库共享的问题。1996年，Musen MA等发表了《EON：元件化的程序化治疗的自动化方法》一文，斯坦福大学进行过一项为治疗方案建模的研究，和说明元件化体系方法建立程序化决策支持系统的方法的研究，该论文将这些研究综合起来，建立了通用的软件元件。1998年，Ohno-Machado L发表了《指南交换格式：表达医学指南的模型》一文，介绍了建立指南交换格式的过程及其评价。

zilu85 · 发表于 2006-10-17 16:38:56

(3)自然语言处理。1994年，Sager N等发表了《自然语言处理和临床数据的表示法》，开发出一种用计算机表达和处理病人档案中自由文本的方法，采用纽约大学的语言串（Linguistic String Project，LSP)系统，并用信息查全率和信息查准率进行了评价。同年，Friedman C等发表了《临床放射学的普通自然语言文本处理器》一文，介绍了她开发的从描述性报告中辨认临床信息并将该信息与含有临床术语的体系结构相匹配的通用自然语言处理器。使用处理器对230份放射线回报的印象部分进行了编码，将对相关数据库中四种疾病发生的自动查询结果与3位临床医生的分析项比较，计算检全率和检准率。发现在没有针对四种疾病特殊训练的情况下，系统的检全率和检准率分别是70%和87%。对查询成分进行训练之后，检全率提高到85%，检准率不变。1995年，Hripcsak G等发表了《从叙事报告中解放临床数据：自然语言处理的研究》一文，也对自动发现叙事报告中所描述的临床状况的情况进行评价。他们在200份入院胸部放射影像中，分别用自动化方法和专家来检查有或者没有6种临床症状。结果发现医务人员之间对描述性文本的解释上存在着不一致，但不是由于个别的医生或者实习医生与放射专家在阅读报告方式上的固有差异造成的。自然语言处理器与医生没有差别，且优于其他对比对象。尽管该研究的学科领域有局限性（胸部放射线中的6种病症），自然语言处理似乎有从描述性文本中抽取临床信息的潜能，从某种意义上可以支持自动决策支持和临床科研。1995年，Cimino JJ等发表了《把因特网当作临床信息系统：利用万维网进行应用开发》一文，作者提出因特网由于具有多功能服务器、多客户平台，并利用标准协议显示信息，有可能成为的解决这一问题的办法。1998年，Humphreys BL等发表了《一体化医学语言系统: 信息学研究合作》，介绍了NLM组织的一体化医学语言系统开发的工作方式。该项目展示了分散在全国各地的研究小组之间开展切实合作中存在的优势和问题。 <div>此帖由 zilu85 在 2006-10-17 18:22 进行编辑...</div>

zilu85 · 发表于 2006-10-17 16:39:23

(4)电子病案、分类与编码表、概念表达的基础与应用研究。该类别可以分为三小类：①电子病案。1991年，Dick, R. S. 和Steen, B. S发表了《电子病案：医疗保健的重要技术》一书，全面介绍了电子病案的应用，包括应用电子病案的意义、技术、实施途径以及进一步改善的建议。1991年，Rector AL等发表了《电子病历的基础》一文，该文介绍了在开发临床工作站时的经验，基本看法是：对医疗记录的要求必须立足于病人治疗中的使用。忠实记录临床工作者听到、看到、想到和做到的是其基本要求，对医疗记录的其它的要求都要自然服从这一点。②分类与编码表。1996年，Chute CG等发表了《临床分类法的内容覆盖面：计算病案研究所代码与结构工作组》一文，为了展现现有的主要编码系统是否能够起到这个作用，作者评估了重要的临床分类法的覆盖面。结论是没有一种分类法能够覆盖所有概念，尽管SNOMED表现得相当出色。在美国主要使用的分类法ICD-9-CM 和CPT并没有覆盖实质性的临床内容。ICD-10的表现也并没有比ICD-9-CM好多少。当今最主要的临床分类法也不能完全包含病人记录中的临床内容，因此对于依赖于这些分类系统的分析结论也值得怀疑。1998年，Cimino JJ发表了《21世纪急需的受控医疗词表》一文。该文将已描述过的常见主题加以汇总，包括：词表内容、概念取向、概念恒定性、非语义的概念标识符、多层次、正式定义、拒绝“不在别处分类”的术语、多粒度、多方观点的一致性、上下文表示、修辞优雅和冗余识别。③概念表达的基础与应用研究。1984年，Sowa, J. F发表了《概念结构: 大脑和机器中的信息处理》一书。全面介绍了知识表达及其应用，包括知识表达的哲学基础、概念图（语义网络表达）、推理和计算、语言、知识工程、概念化的局限性。1993年，Lindberg DAB发表了《一体化医学语言系统》一文，介绍了美国国立医学图书馆自1986年开始长期研究和开发的项目一体化医学语言系统（UMLS）。该文介绍了UMLS项目的目的、开发方式和过程，开发出来的知识源（超级词表、语义网络、信息源图谱等）。1993年，《人和兽医系统化命名法》（The Systematized Nomenclature of Human and Veterinary Medicine）第三版出版。1994年，Cimino JJ发表了《基于知识维护的大型受控医学词表的方法》，介绍哥伦比亚大学开发的基于语义网络的医学条目字典（MED）。同年，Evans DA等发表了《佳能小组报告：通向医学概念表达语言》，设计出通用的医学术语表示法，提出了一些基本原则和方法，以此来规范表达所有的概念。还是在1994年，Campbell KE发表了《临床数据表述的基本逻辑》。该文的目标是介绍表述临床数据的通用框架，这个框架提供术语的语义说明，让开发者明确界定术语之间或者术语集合之间的关系。作者认为正规的逻辑提供了规范表达医学概念的框架，实际应用还需要进一步评价这种方法的实用性。1997年，Rector AL发表了《医疗术语的GRAIL概念建模语言》一文，GRAIL是一种描述逻辑或者框架语言，它清晰地表述出很多临床概念的有效知识表达语言的要求。这篇文章介绍了GRAIL语言及其开发动机，并给出了在其支持下的建模范式的例子。

zilu85 · 发表于 2006-10-17 18:16:58

只有被引次数达到一定阈值才被提取出来作为高被引论文，所以发表年代比较早。

zilu85 · 发表于 2006-10-17 18:20:26

主要是想给大家介绍一下国外的同行都在研究什么，期待能引起国内的同行们的兴趣；也让正在学习的后生知道医学信息学不仅仅是开发系统，有很多研究题目。 明天把这些论文的文摘贴上来，敬请关注。 <div>此帖由 zilu85 在 2006-10-17 18:26 进行编辑...</div>

url · 发表于 2006-10-17 20:16:26

很不错的文章，学习中！<div class='quotetop'>引用

zilu85 @ 2006-10-17 16:31)</div><div class='quotemain'><span style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 宋体; mso-bidi-font-family: " ar-sa?="" mso-bidi-language:="" zh-cn;="" mso-fareast-language:="" en-us;="" mso-ansi-language:="" 1.0pt;="" mso-font-kerning:="" roman?;="" new="" times=""><span lang="EN-US" style="FONT-SIZE: 10.5pt; FONT-FAMILY: " mso-bidi-language:="" zh-cn;="" mso-fareast-language:="" en-us;="" mso-ansi-language:="" 1.0pt;="" mso-font-kerning:="" roman?;="" new="" times="" 宋体?="" mso-fareast-font-family:="" ar-sa;=""><span style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 宋体; mso-bidi-font-family: " ar-sa?="" mso-bidi-language:="" zh-cn;="" mso-fareast-language:="" en-us;="" mso-ansi-language:="" 1.0pt;="" mso-font-kerning:="" roman?;="" new="" times="">将全部相关文献的引文（即参考文献）共计96251篇套录下来，运用自编的文献计量学统计分析软件统计这些引文的出现频次</div> 想请教一下是怎样的自编软件，这个课题是个人完成的还是机构啊？

zilu85 · 发表于 2006-10-18 08:14:53

中国医科大学医学信息学专业的毕业论文，另一部分是美国医学信息学教育的调查。这个软件是一个自然科学基金课题（文本挖掘）的副产品之一，可以做很多文献计量和数据挖掘的分析。

sihoo · 发表于 2006-10-18 11:52:13

期待原文的刊登，下载研究。

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