语义web和OWL的方法学大摆迷魂阵

老包 · 发表于 2006-9-18 14:04:47

最近苦苦研究语义web和OWL的实现方法学,发现竟是天下第一迷魂阵,几乎都是无底的胡同......

medsoft · 发表于 2006-9-18 16:20:55

为包老师的毅力而感动！我看了一些资料后就放弃了，玩不转这个

dongxi · 发表于 2006-9-18 17:52:10

尝试将复杂问题简单化

老包 · 发表于 2006-9-18 21:36:45

[quote=medsoft,2006-09-18 16:20] 为包老师的毅力而感动！我看了一些资料后就放弃了，玩不转这个 [/quote] 有些网上OWL例子也是滑稽可笑的，感觉OWL的方法学远未成熟．我是因为研究生的课题希望有一定的先进性，才不得不进行语义web的探索，同时仍希望我们论坛及BMKI能在医学信息学的某一方面成为世界级的研究中心，先作些基础探索工作。毫无疑问，大路的、一般的课题已没有我们论坛的份了（又是发展中国家，又是松散的业余的团体），最近我正在形成开发“生物医学语义大网络或元网络”的思路，但还没有成型，现在无法介绍。这一工作可先于“实验性本体”，后者出成绩时间较长。我相信“只要工夫深，......",会有好消息的。

南京猿人 · 发表于 2006-9-18 23:41:24

大家几个东西可以看一下，医学知识依据方面，Protege+UMLS tab之后的基于UMLS建模, 直接把UMLS的concept放进模型里。代码方面，一个是jena,，一个是topbraid,<a href="http://www.topbraidcomposer.com/" target="_blank">http://www.topbraidcomposer.com/</a>，买类库还要另外花钱。最后看一个sparql, ontology-based query language.owl的确还有一段路要走,很多思路还没有理清。

老包 · 发表于 2006-9-19 17:25:34

本来我一直在犯疑：文本性质的HTML,XML,RDF,XHTML除了严谨性，一致性不同以外还能有什么区别？离开了能直接联系机器码的编程语言如C,java等它们还能作什么？为什么从来没有相当于语义web的浏览器介绍？现在看来，这些疑问都是有道理的。因为据我的理解，实际上语义web还没有达到浏览器级，它还在依靠jena等用java开发一般意义上而不是浏览器意义上的应用程序，即还没有达到真正意义上的web。悟清思路后，我估计论坛上也许有1/4的人都能“玩得转”了（只要有过开发程序的经验）。铺天盖地的关于语义web或OWL的文章发表了，应该把这些问题向大家交代清楚。什么“XML的功能是显示，RDF的功能是语义“等议论很有误导性！既然是全人类的事业，应该把这些基本思路都交代清楚。

dongxi · 发表于 2006-9-20 09:18:42

有些事物一下子是不会听明白的。过一段时间回头再看看，也就明白许多了。再过一段再看，就越来越明白了。再过一段再看，就完全明白了。再过一段时间，就开始不以为然了……大抵事物都是如此。圣人云“温故知新”实在是非常正确。时间会改变一切的。

老包 · 发表于 2006-9-20 10:15:33

[quote=linforest,2006-09-19 19:46] 说的说了听的听了究竟什么意思，并不知道就像两个会发声音，同时又会录声音的机器 [/quote] 把全过程长话短说一下：我对语义web情有独钟，但语义web对我并非如此。接触这问题也有些时间了，沿着RDF/XML,OWL语言所指一直走下去。但发现有无穷分叉，每个分叉都是“漏底的胡同”（你也试一试吧！），永远无最终结果发现。先前因忙于他事，没有当回事。待到研究生选定课题，急于建立方法学，在苦读几周以后，顿生疑窦，并且觉得指引的基本思路有问题，于是发了个牢骚帖子“迷魂阵”（第一楼）。然后放弃了原思路，凭当初开发“整合性关系化医学电子书”的经验，断定其中必有用程序语言开发的应用程序，否则不可能“理解”语义，当天就找到了应用程序jena,很快又从“猿人”的帖子得到证实。所以把我理解的开发语义web基本思路总结如下：（1）XML,RDF,XHTML,OWL仅是关于数据结构的规范，它们指导生成资源；（2）还没有合适的浏览器阅读，处理，操作这些资源，所以还不能称web或语义web，应该说jena等还是一般的应用程序；（3）所以基本方法是“规则资源”+“应用程序”（与我当初开发电子书思路雷同，石头可能有所了解）；（4）这实际上给我们提供了更多的参与机会。不知讲清楚了没有？准确与否还请猿人指正。

南京猿人 · 发表于 2006-9-20 10:58:26

不敢不敢，既然还是新兴学科，大家都在共同学习，指正万万不敢当。个人也在学习中，有一些资源，大家或许可以借鉴。swoop，protege都是owl的编辑器，owl分三种级别，从表达的自由度到逻辑的严谨性。商用的编辑器产品有 altova，也就是XMLSPY厂商的semantic network2006.owl的搜索引擎: http://swoogle.umbc.edu/知识整合，也逐渐按照ontology integration的思路在做，比如从基因，到蛋白，到疾病，到流行病模型的整合。我们和生物系合作过蛋白到疾病的模型。smore,可以作为一种ontology 为基础的coding的工具，你可以把网页上的东西以tag的方式coding,然后组织起来。分类学，目前是应用的热点。我们系做了NLP的工具，可以把主诉自动切词，然后分类到模型里面，然后挂上UMLS进行检索，把词汇标准化，这样，主诉的每一个词都有一个cui.结构化数据录入模型，我们做了一个小communication error的模型。这个，可以用在电子病历上，就不会出现男病人模版出现怀孕的笑话。HL7也在做owl方面的探索。智能人机对话，还处于雏形阶段。可以处理问题和答案。新版SNOMED,在semantic network上也在加强。个人观点，有偏颇，也请大家指出。

南京猿人 · 发表于 2006-9-20 11:08:50

现在在设计一个public health的模型。临床数据中，CDC对11个症状感兴趣，比如SARS和禽流感的一些症状。我们可能把这些症状建模，然后从电子病历里面抽取数据，进行归类，使数据从个体上升到群体的规模，加上其它的地域信息，OTC采购信息。进行疾病预报和检测。

南京猿人 · 发表于 2006-9-20 11:24:53

Recent events, including the emergence of severe acute respiratory syndrome (SARS), West Nile virus, and monkeypox, have resulted in the implementation of alternate methods of disease surveillance that can potentially identify clusters of cases before traditional methods. Some surveillance systems utilize International Classification of Diseases, Ninth Revision, Clinical Modification (ICD-9-CM) coded health information from physician visit records or emergency department discharge data (1). Other systems abstract data from emergency department logs, 911 calls, or nurse call line data through analysis of text or other developed coding systems (2). Such surveillance methods are often referred to as syndromic surveillance since they typically monitor the non-specific clinical information that may indicate a bioterrorism-associated disease before specific diagnoses are made. Syndromic surveillance systems often utilize data sources that already exist but have not been designed specifically for public health surveillance purposes.

dyy · 发表于 2006-9-22 07:54:22

首先是结构，XML是定义了一种结构，如同数据字典定义了数据库的结构一样。 其次是结构之上的模型，RDF是一种模型，如同数据库的ER模型一样。但RDF这种模型是近乎OO的。问题的根源也就在于此，ER模型的数学基础是完备的，而OO模型是欠缺的。 其次是模型之上的操作，OWL是一种操作，如同数据库的SQL是一种操作一样。但SQL已经是4GL了，而oo语言基本仍然是3GL。 最后，数据库本身已经是一个完整的系统，数据库本身的开发（如oracle、mysql等）与数据库上的应用开发（如HIS等）是分离的；而语义网还不是一个完整的系统，并没有提供一个如同数据库那样完备的基础系统。 因此，语义网应用开发目前是处于数据库出现之前的状况，目前开发语义网应用就如同没有数据库而要开发一套HIS一样的困难。 作HIS的从来没有想过要自己开发一套数据库，所以他们不会感到困惑；而作知识管理的却经常不由自主的想语义网的开发，因为这个东西还不完整，而又想要在这上面作应用，困惑当然是在所难免的。 语义网的开发是技术问题，语义网上的应用开发是领域问题。领域专家不可能解决技术问题。

url · 发表于 2006-9-22 10:18:06

[quote=dongxi]尝试将复杂问题简单化[/quote] 最简单的网页格式也简单不过txt文本吧。也许将来的计算机都能象深蓝下棋一样，每一句简单的话电脑都能做出尽可能多的解释，结合上下文选出最合适的一种？ 胡扯，姑且听听，呵呵。 
 
  <div>此帖由 url 在 2006-09-22 10:18 进行编辑...</div>

南京猿人 · 发表于 2006-9-24 11:01:18

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http://wiki.w3china.org/wiki/index.php/OWL%E6%8C%87%E5%8D%97_%E6%8E%A8%E8%8D%90%E6%A0%87%E5%87%86-9http://bbs.w3china.org/list.asp?boardid=2这几个网站可以看一下。

老包 · 发表于 2006-9-24 21:29:46

经过这几天研究,开发语义web的全过程业已搞清,jena并非应用程序,而是API( 应用程序编程接口,Application Programming Interface)。所以开发语义web的全过程：（1）开发java程序；利用（２）jena接口；（３）显示，建立，阅读，操作推理XML,RDF,OWL等．

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