启动生物医学形式结构知识整合工程宣言

老包

启动生物医学形式结构知识整合工程宣言：

与石头、丹尼、medsoft等多次谈过的关于生物医学形式化结构（Formal Structure of BioMedicine, FSBM）研究，因忙于《生物医学知识整合论（BMKI）》（卷1）的撰写工作，一直拖延至今。现在决定正式启动。主要是考虑到BMKI应该走理论探索与应用探索相结合的道路；再者经过一段时间方法学的探索，对JAVA，XML及OWL等有所了解，建立一些样板性结构原型已有可能；三者为庆祝我的一对小孙孙的出世。

FSBM的任务：（1）与HP公司的接口库类似，FSBM工程拟建立一系列的FSBM库；（2）研究有关生物医学知识整合理论；（3）开发其应用程序。

FSBM的宗旨：催生未来生物医学；努力为临床医护，为病人，为医生，为电子病历的生物医学知识支持服务。

FSBM的策略：（1）期盼国内外（特别是我国的）医学信息学界及医学界具有远见卓识，富有奉献精神和脚踏实地精神的英才及团体积极参与及合作；（2）寻求与W3,Galen，Digital Anatomist, UMLS，政府，WHO及其他的医学本体事业团体的合作机会；（3）拟先组织一个研究小组，进行理论，技术，具体实施方法和策略方面的探讨。

                          2007年1月27日星期六

老包

第一类：生物医学拓扑结构

元形式结构：{A,R×D},A为对象元素集合，R为关系集合；D为关系的相关的权值或描述。其中认知对象元素不计其内外部结构和关系，即结构关系不应发生在对象元素与其（包含的）内部组分之间，结构关系也不应发生在对象元素与其（被包含的）上级结构之间；理论上对象之间没有主次之分。带权的结构关系：为认知对象元素之间的关系及其广义的值或描述。

例如连通关系包括：（a）物质交换关系（输送（输出，输入），对象因子，权值）;（b）信息交换关系（如生物动作电流的波动式传播，传入，传出，关系对象，关系权值）。关系权值指速率，及其他运动形态；（c）能量交换关系等。

老包

连通关系形式化结构实例：
（1）正常心脏腔连通关系结构：
对象元素集合A：{心脏腔（命名对象），主动脉腔，肺动脉腔，冠状动脉腔}；
关系及其权值集合{（R×D）}：{T(心脏腔, 主动脉腔) ×正常值，T(肺动脉腔, 心脏腔) ×正常值，T(心脏腔, 冠状动脉腔) ×正常值}

老包

目前打算以＂高血压＂以及相关的＂高血脂＂，＂中风＂等作为探索内容，逐步把工作展开来。

ironstone

支持老包的探索研究，我想这也算是非官方的一个学术研究起点，但也需要多方的共同组织和参与，希望论坛也能够为此做些贡献。

EHRer

强烈支持！

laotao

普通会员怎样参与？

medsoft

支持包老师的倡议，我们年轻人尽力做点力所能及的事吧

老包

谢谢大家的支持，欢迎大家参加。

医学信息学的一个重要问题是理论贫乏，急功近利的思想较重。但是机体作为一个系统是非常特殊的，一般系统或形式系统很难直接应用，因而现代系统思想或工程始终在外面转悠，无法深入生物医学核心。二者之间存在一个广袤的理论空白地。即使不谈其理论价值，而从应用角度讲，现在开发的术语系统（如SNOMED），分类系统，事件集合（如HL7,常用路径）,形形色色的各个领域中知识本体等要充分（几倍，几十倍）应用到临床实践指导，知识开发，决策支持等方面，如果没有对其间丰富多彩的，不同抽象层次的，不同复合和分解的＂形式化知识结构＂（这个名称优于＂本体＂一词），是难于实现的。这是一块留给我们中国学者（当然这取决于我们的努力）的建功立业，展示风采的前沿领域。
我们可以先从理论上充分讨论，周密思考一段时间，然后选择一些最重要临床问题，开发一些原型样板，作一些应用实验，然后再正式启动一些项目。……(要做的事情很多)。
    目前寒假到来，一些研究生的工作需要完成。《生物医学知识整合论》（名称暂定）一书的写作任务也很重。但我会把我的思考逐步寄给大家。
    如果我处没有e-mail地址的网友，请发一个给我。以前曾表示对BMKI感兴趣的网友是当然成员．我先建一个emali群发组，与大家联系。
   也有重要的医学信息学公司表示希望参加，也在此表示热烈欢迎。
   laotao后来分配到何处工作？谢谢能告知我。

2007-2-1

[ 本帖最后由 老包 于 2007-2-1 13:03 编辑 ]

laotao

谢谢包老师还记得我。我已经给您发了短消息。

很早就想做医学知识工程方面的研究，但一直找不到组织。希望能够参与您的这个工程。

miaofan

90年接触过《计量医学》（上海科技出版社84年版）...

老包

“效应协加或”形式结构：

数学抽象结构：FS1=U'(RDFi) ,此处U' 为“效应协加或”算子，即每个变量可以独立产生效应，变量效应与变量效应之间还有协同作用。
实例:
高血压病因：
（1）高血压病因—年龄；
（2）高血压病因—食盐量；
（3）高血压病因—体重—肥胖；
（4）高血压病因—遗传因素—有家族史；
（4）高血压病因—工作因素—脑力劳动过度紧张.


(公式上不去,大家凑合看看吧)

老包

FSBM工程应包括如下内容:

1. 各种层次的形式结构的提取及其运算属性的研究;
2.各种层次的形式结构之间关系的形式结构的提取及其运算属性的研究;
3.各种形式结构操作与运算应用程序的实现(例如用JAVA);
4.结构库及相应的应用程序库的建立；
5.对各种医学临床知识或数据(包括电子病历)的操作与运算研究；
6.对电子病例等资源的要求研究;
7.正式工程的医学范围的确定;
8.相关的Internet服务器的建立;
9.与其他医学信息学的基础研究的交流与合作。

.................................

目前以高血压为例正在进行探讨。

老包

抽时间在用功JAVA,有点找回了15年前日夜编程序的感觉，有亲切感。JAVA真的好可爱，比较严谨，也容易借助原有的工作基础。其实它已经在哲学上脱离了纯数学的控制，带有强烈的物数学的特点。

老包

Ⅰ型生物医学形式结构：术语定义级结构




术语的基本结构（临床语义学完全结构）：⑴产生与消亡原因；⑵存在属性；⑶本质描述；⑷特征描述；⑸功能描述；；⑹is-a关系的反关系（逻辑contain关系）；

举例说明：
⑴产生与消亡原因：如色盲形成原因为视网膜红色或绿色锥体细胞缺失或功能丧失；色盲是遗传性疾病，因为色觉基因位于x染色体，女性有两条xx染色体，而男性只有一条染色体，所以女性拥有至少一条染色体的机会较男性高，所以色盲发病率男性高于女性。
⑵存在属性:如色盲男性中发病率8%，女性中发病率04%
⑶本质描述：如肾上腺素是一种激素；呼吸是机体功能之一；疫苗是一种抗原制剂；
⑷特征描述：如呼吸可以由意识或下意识控制；
⑸功能描述：如色盲是一种不能区分颜色的疾病；疫苗的功能是建立身体对某种疾病的免疫机制；疫苗的功能可以是预防性的，也可以是治疗性的；呼吸吸进氧气，排除二氧化碳；
⑹is-a关系的反关系（逻辑contain关系）如色盲中最常见的是红-绿色盲；全色盲很少见；

[ 本帖最后由 老包 于 2007-2-11 17:35 编辑 ]