一个十几年前医学信息系老生的个人经历

wuyong88

一个十几年前医学信息系老生的个人经历

很多年前， 我以高出全省重点大学几十分的成绩却被调配到了医学信息。老爸四处打听什么是医学信息。可惜没人知道。大学头三年和临床系一起上课，还没有太大落差。后两年进专业。两个字，郁闷。都是垃圾课。最可笑的是系里最看重的一门科就是要记住每个领域前几名的杂志是什么。各个杂志有什么特色。什么格式。真是TMD浪费生命。毕业那年大部分。毕业那年，全班大部分人要考研换专业。系里领导不满意，对考研或者换专业的学生采取不予联系工作（那个时候这个专业还不错，全国各大医院图书馆或信息科都会主动来要人，只要系里推荐即可。）等种种处罚。我是退无可退。幸好考上了一个别的学校的不错专业。紧接着后来来了美国。除了图书情报这一块由于抵触，背景比较弱以外，我在医学，生物学，计算机以及统计应该都还不错（除了国内的硕士之外，在美国读了一个计算机硕士以及统计学和遗传学的两个博士，总共5年时间）。读博士期间写了很多目前在我这个领域还算有点影响软件。此外，在世界最大的统计软件公司参与开发了nonlinear regression model, extended quasi-likelihood 和牛顿逼近法解决singular matrix无法inverse问题. 后来在世界最大的药物公司参与mapping人类复杂疾病的基因定位和治疗。这些都是读博士期间实习的时候做的。当然，在硕士期间参与protege的设计开发，并应用protege成功设计了heterogeneous数据库的在线集成. 目前有幸在美国一所top20大学做assistant professor.
我说这么多, 是因为教了一节课有点疲劳, 在办公室上网溜达来到了这里,有感于还有许许多多我的师弟师妹还在那里挣扎, 希望自己的经历对大家有所帮助.
最后总结一下自己的观点.
1) 国内绝大多数医学信息学力量太过薄弱, 只有能力教授一些图书馆方面的东西, 结果曲解了医学信息学应有的学术深度. 一个五年的本科生至于硕士博士不应该把他们的生命投入到记忆一些杂志特色之类的东西. 那些不需要我们花钱和精力去学. 所以建议把那些只侧重于图书情报的医学信息系改为图书情报专科至多4年本科.
2) 理想的医学信息应该是国家或大学扶持，集计算机，医学，生物学，统计学，信息学各领域的专家教授在一起的师资力量雄厚的系。这也是美国很多大学系的构成形式。
3）还没有考大学，或者是想读硕士甚至博士的同学们不要再读这个图书情报方向的医学信息了。我并没有诋毁图书情报的意思，只是绝大多数同学选择这个系的时候，他们的理想不是图书情报。大学有这个系的建议在他们的网站阐述清楚此专业的方向以及毕业后工作去向。

此外建议有一些远大志向的同学不要化过多精力在编程上面。你的编程能力再高，也只能做个scientist和technician， 如果想在学术界发展，你的创新，思维，知识面才是最重要的。在美国很多名教授只会用电脑发发信，上伤网，但是他们却养着一大堆计算机高手，但是这些高手只能做technician. 因为他们不能创造。所以不幸刚开始读这个专业的同学，建议学好数学，数值计算，计算机数据结构和算法。这些是基础而且自学比较难。至于具体的编程只要有时间实践，很快就能精通。

去年，我带桌几个美国同事回国谈合作。真想回母校给还在迷茫中的同学们谈谈我的想法。当然这个注定无法成行。因为这个必定会得罪我当年的老师。鉴于本文比较敏感，就不过多暴露个人信息了。因为我知道这个论坛上有我上学时候的老师。

拼音打得，错别字也不想校对了。只想表达一下想法。

有点不舒服，发现这个网站检测访客位置。

张琨

这样的文章绝对支持！！

近期少有的原创作品，观点鲜明的作品！

国内行业内的学术领域已经在发生渐变，如果某些学校不参与到这种进步，必会被历史淘汰

熟透番薯

原帖由 wuyong88 于 2007-12-7 02:56 发表

                               
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1) 国内绝大多数医学信息学力量太过薄弱, 只有能力教授一些图书馆方面的东西, 结果曲解了医学信息学应有的学术深度.一个五年的本科生至于硕士博士不应该把他们的生命投入到记忆一些杂志特色之类的东西. 那些不需要我们花钱和精力去学.所以建议把那些只侧重于图书情报的医学信息系改为图书情报专科至多4年本科.
2) 理想的医学信息应该是国家或大学扶持，集计算机，医学，生物学，统计学，信息学各领域的专家教授在一起的师资力量雄厚的系。这也是美国很多大学系的构成形式。
3）还没有考大学，或者是想读硕士甚至博士的同学们不要再读这个图书情报方向的医学信息了。我并没有诋毁图书情报的意思，只是绝大多数同学选择这个系的时候，他们的理想不是图书情报。大学有这个系的建议在他们的网站阐述清楚此专业的方向以及毕业后工作去向。
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是这样的，我也接触过几所学校和一些医学信息学的学生。高校教学质量还是存在不少问题，高校领导未必重视。

EHRer

反思国内的教育………………

url

呵呵，学习。

J.C.Chan

呵呵，路是摸索出来的。

wuyong88

还记得来美第一节课的震撼。美国选课很随意的。为了防止选得课过难，老板一般都会看一下学生的选课大纲。老板的host department 是计算机系，同时也是信息学院，医学信息系以及遗传系的教授。在他的建议下，选了他的课，computational biology. 第一节课老板就阐明这门课没有书本，授课内容都来自于这一两年的文章。老板上课的时候充满激情，激动处，直接就坐在了桌子上。美国同学或驾着腿或悠闲的喝着咖啡。课挺难，基本没几分钟，就被学生打断提问题。老师和同学上课的一问一答仿佛在讨论问题， 而我则像小媳妇一样卷缩在角落。这种状况直到两三年后才有好转。
医学信息课和信息系统管理不是major courses. 我是旁听的，上课的除了医学信息系和图书情报系以外，还有计算机系和卫管系。据我所知，涉及到记忆的内容，老师考试从来不考。他们更多的侧重于能力的培训，而不是简单的书本复述。因此，考试都是oral presentation和一到两篇paper的形式进行。只要你有创意，有想法，基本上都是A.
我在大学读医学信息专业课的时候，学期结束对我是个解脱，剩下来的只有空虚。而在美国同样的课，学完了后，我确有一种成功感。这就是不同。大学读的课，好多名字都记不起来了。只记得要求记住什么诸如“书籍保存的注意事项”，“杂志的创刊年号", “核心杂志是什么“。现在想起来还TMD郁闷。不为别的，只为我曾经浪费的青春。
仔细的阅读了这个论坛的帖子。一个网友论点可能概括很多人的生活写照吧。那就是，学校欺骗了我5年，我用我一生的欺骗来回馈社会(大意是这样子）。
读了这么多的帖子后，一种感觉混合着激动和气愤，正如我临毕业前夕的心情。我们的教育为什么要浪费这么多有思想有抱负的年轻学子。他们的青春年华正如我当年一样荒废在机械重复的背诵上。我没有能力，因为我还在美国为了我的tenure而忙碌着。周复一周月复一月的写着我的proposal等着NIH的评核以给我以后的科研经费。有时候有一种冲动，想联系一些在美的同学回国办一个真正意义上，一流的医学信息学系。我不知道我的愿望可不可以实现，但是我想我也许可以从招一些国内的应届毕业生来我这里读研究生做起。路漫漫兮其修远，吾将上下而求索。

medsoft

国内医学信息学系确实是从医学情报管理转变过来的，不仅是医学存在这种情况，我后来发现国内大学的信息管理系统居然也是从图书馆系转过来的，这也是因为信息学这门学科太新了，甚至包括在美国。
我个人觉得，选择学医学信息学，就必须有很强的自学能力，要有钻研精神，如果改变不了整个局面，就必须改变自已的学习方式。正如有些人所反应的，医学信息学适合硕士或博士以上学历教育。

shatangbao

国内的大学建立信息系统系，大部分也不是为学生着想的，如果想有所成的话，只能靠自己努力

wuyong88

那一年的冬天来得似乎比往年更早。为了考研，一周两次骑自行车去另外一所大学上政治辅导班。政治很枯燥，幸好上课的老师口才不错，居然平生第一次感觉政治也有逻辑性。当年政治也考了七十多分，没有成为我的拖后腿项目，可谓天助我也。现在想起来，那段日子和后来准备toefl和gre的时间虽然苦却给我带了希望。当时只有一个想法，人生第一次选择我没能把握，进了一个我不熟悉的医学信息专业，我希望通过考研这条路来改变我的命运。
临毕业那一年，全班有一半的同学都考研了，并且都成功了。大都是基础医学，两个考上了公共卫生，还有一个更牛，考了临床。没考研的，在系里的鼎力支持下，都去了很不错的大学图书馆。
我那一年的医学信息系招生特别多，毕业实习分了两拨，一半在北京，一半在上海。我被分在上医大和二军大实习，实习的内容好象分为图书，期刊，检索等几个部分。上医大的馆长记得是陈XX。欢迎仪式上明确说明希望通过实习能够招收到一两个学生，但是一定要专业思想牢固，不接受参加考研的学生。这个声明无疑对刚刚参加过考研的同学无疑是一盆凉水从头而降。不过那一年的实习，我还是有幸遇到一位不错的老师，徐一新。对他良好的第一个影像也是由于他对大家考研的同学没有区别对待。感觉他也比较开明。在他的实习带领下，我了解到原来医学信息还包括这些东西。那是我两年的专业课所没有接触过的。internet当时刚刚进入中国，他已经开始写一本关于互联网上的医学信息研究的书了。我当时就想如果我那一年考不上，我希望停一年考他的研究生。可惜那时候他还不招研究生。
待续。。。
这一阵子浏览了本论坛，突然有一种想写一点东西的冲动。不知道写完这些，下一次会隔多久让我再有这个冲动去了解我曾经就读的医学信息专业在中国的发展状况了。不过有辛通过这个论坛和网络了解到几位不错的老师的研究方向，比如老包的知识整合，中国医大崔老师的数据挖掘，以及浙江医大的医学信息。这些方向即使在国际上目前也是研究热点。如果我当初读书的时候能够了解到这些，我想也不至于那么郁闷把。

wuyong88

错了，应该是浙江大学的生物信息。仿佛生物信息这个比较新的领域在国内也有研究生计划了，我想医学信息应该包括生物信息吧。

dongxi

呵呵，有时郁闷点也好，无退路的人才容易进步。

medsoft

前几天刚好问一个从USA回国的专家，在美国的生物信息学和医学信息学是两个相近或类似的学科还是两个截然不同的学科，他的答复是两个截然不同的学科，不知道从wuyong88里又是怎么理解的？
我自己也觉得可能会差得比较大，但两个学科有交叉是必然的。生物信息学和医学信息学如果真要分开的话，可能可以从分层上去看，如生物信息学比较关心对生物数据的处理如基因、生物信号等，而医学信息学则倾向更高一层的信息的处理，这些信息来源更多样，主要关心的是临床信息的处理，这里处理的信息很多是经过生物信息处理后的。
这样讲估计并不是很贴切，如果硬要分开，估计挺难的。
现在学科交叉现象很多，看到一本书，叫《信息组织》，结果一翻，原来是讲图书馆文献组织的，呵呵！

[ 本帖最后由 medsoft 于 2007-12-9 23:38 编辑 ]

wuyong88

Medsoft, 笼统地讲，我感觉bioinformatics也许可以算是medical informatics的一部分吧。我读硕士时的一位committee member曾是AMIA的chair. 我参与了他的protege项目，并有幸连续两年在年会上做presentation. 而我的报告两次都是放在bioinformatics组的。感觉amia下的bioinformatics侧重点是应用计算机和信息技术管理，分析现有生物数据数据库。从这一点上讲包老的知识整合和崔老师的数据挖掘在这一领域有很大的应用。

wuyong88

实习的那一段时间很是心绪不宁.  这段时间我尝试联系了一下工作,毕竟我无法断定我的考研一定成功.  当时联系去医学院机构是不可能了, 医学院校的部门尤其是图书馆和我们系基本上都很熟悉, 最后的录用最终还是取决系里的推荐. 而我应该不是系里重点推荐的那一批人.  因此决定重点联系去公司. 可是不幸的是无论是大公司（如GE）还是一些小的药物公司的医药代表职位都对我这个医学信息的应届毕业生不感冒。感觉当时的研究生已经是我的最后一根稻草了。
研究生的成绩终于下来了。我考了266分。顺利获得了复试的资格。我当时申请的导师是一位从美国回来没两年的博士生。那个时候回国的留美博士还是很受重视的。回国没多久就获得了优秀中青年专家的称号。除我之外还有四个选了他的方向，我总分排名第三，而老板只录取两名。然而戏剧性的一面出现了，老板居然看中了我医学信息的背景和计算机的技能。没想到我所厌恶的专业却最终让我在复试中脱颖而出。不过塞翁失马，焉知祸福，我三年硕士生涯，很多的时间也花费在帮老板查文献，写软件甚至于文件格式编排上。但是整体上说，老板说对我还是不错的。
硕士第二年在大环境的驱使下，我着手开始准备toefl和gre，并积极和美国教授陶瓷。鉴于我医学信息，计算机和遗传学的背景，我当时最中意的教授是Edward H. Shortliffe. 可惜得是他已经接受了哥伦比亚大学的邀请计划在那里建立一个新的医学信息系，第二年就要离开。不过他很热情，欢迎我申请哥伦比亚大学。后来我成功地联系了我的硕士导师，他是计算机系的教授，同时由于他在遗传学(主要是计算机生物学的算法)和医学信息上的成就，他也兼任遗传和医学信息的教授。老板给了我一年18000美金的奖学金（暑假另算），并免学费和医疗保险。老板二月份就给我寄来了录取通知，不过要求我在四月15日前一定要给他由我签字接受录取得明确答复。收到信的那一刻，我仿佛觉得一条金光大道正展现在我的面前。