一个十几年前医学信息系老生的个人经历

小城医生

好几天没访问论坛，发现到年终的时候出现这样一篇令人关注的帖子。不错，从这个医学信息学教育和培养的角度提出深刻的见解。

medsoft

原帖由 wuyong88 于 2007-12-10 12:14 发表

                               
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Medsoft, 笼统地讲，我感觉bioinformatics也许可以算是medical informatics的一部分吧。我读硕士时的一位committee member曾是AMIA的chair. 我参与了他的protege项目，并有幸连续两年在年会上做presentation. 而我的报告 ...

有两天没来了， 看到wuyong88的解答，我个人还是倾向bioinformatics和medical informatics是两个不同的，但是有交叉的学科，我只是一个小兵，只是表达一下我的想法，而且在很多时候看起来，生物信息学可比医学信息学红火多了，但上海的包含飞老师的《生物医学知识整合论》有融合两门学科的意思。

wuyong88有感而发，很值得我们思考，北美从事相关学科的华人挺多的(听说有一两百人)，大家应该多交流，团结起来做点事，也推动中国医学信息学的发展，也给我们这些苦苦挣扎的人带来一些希望。

laotao

Edward H. Shortliffe也是俺的偶像，呵呵

url

还是觉得生物信息学有些局限，有些基础，医学信息学可以涉及到更多的人、事以及关系。尤其是看thomson scientific一些产品得出的感觉。

wuyong88

八年前硕士毕业，拿到了一个牛校的全额奖学金，似乎觉得眼前一片光明。离学校开学还有四个月，我就准备好了材料去领事馆申请签证。但是出乎我的意料，我的一签没过。女朋友，我后来的老婆，很多年以后还经常提起那一刻我的样子，满脸煞白，恍如灵魂已经不附体。即使到现在，我也没完全明白我为什么被拒签。实际上，签证馆只问了我两个问题，去什么学校，读什么专业。然后就给我一个拒签单，原因---移民倾向。可能那个时候计算机在美国太火了，很多牛校的计算机系学生都辍学找工作去了。
老板是个大牛，他在计算机，医学信息学，遗传学，计算机生物等方向都有研究课题。老板很多年前提出的sequence alignment的算法，现在已经广泛的应用在NCBI的各个蛋白质核酸数据库。他的关于evolutionary genetics的很多算法和理念已经成为这一领域的基石。老板根据我的背景建议我选knowledge discovery方向。这个方向可以很自由的切换到医学信息clinical decision support, bioinformatics, evolutionary genetics, statistical genetics, 和computational biology, 而这正是我需要的。因为我不想一开始就把自己局限在一个领域，同时那个时候我也不清楚自己更喜欢哪一个。但是我肯定我不喜欢图书情报。
根据我的研究方向，老板和我共同制定了一下我的选科计划。出乎我的意料，老板建议我第一学期选一门编程课，而且是LISP语言。（出国之前我C++，汇编，和VB都有一点基础）。当时还不很理解，一年后我才知道LISP对于人工智能领域的开发是多么的重要。再以后随着我对emacs的掌握，Lisp已经是我日常用得最多的语言。计算机系的一年半时间对我计算机的能力应该是一个质的提高。美国研究生的课一般不包括编程课(LISP由于和人工智能的密切联系而除外). 然而，很多老师的课都要求学生用某种程序语言写作业。一般情况，作业一个星期一次。以前会不会这种语言是学生自己的事。对美国教授而言，拥有数据结构算法的计算机研究生学会一种新语言是一个play的过程。老师把那时还很热门的网页设计，脚本处理等等都称作是一个play的过程。我就是用这种play的理念平均花1-2个星期的时间掌握了java, perl, python和R.
硕士阶段的学习很快就结束了。又一次选择面临着我。可能本科阶段的医学信息学的学习已经让我丧失了过多在这一领域的热情。我最后选择了遗传学和统计学作为我的博士专业。正如围城现象所阐述的一样，我的同学完全是计算机背景却选择留在医学信息系读博士。同时我走的那一年，医学信息系来了一个北大生化班的学生，还有一个女生，仿佛是中国医科大学的。她本科临床，国内生化硕士和美国一牛校的遗传博士2年。据她说本科读临床时，特羡慕医学信息的学生。听到这话，我感慨万千。
由于时间关系，我不可能继续长篇累牍的回忆可能让别人很boring的一些我的个人经历了。我想我的曾经的医学信息学的学习和经历就到这截至吧，尽管我后来的生活有更多的人和事值得叙述。这其中包括我的博士生导师，美国刑侦遗传学的大牛，FBI的这一部门的主管，以及他和号称华人第一神探得精彩对搏。来美这么多年来，让我有幸结识了这么多传说中的大牛， 也算是我人生阅历的一笔财富吧。写到这打住之前， 我想起了我在楼道里总遇到的两个普普通的教授，他们是如此的普通，普通的我都没有注意到他们是那一年的诺贝尔奖获得者。在此我希望许许多多的还在迷惘中的学弟学妹们也能坚持一种普普通通的生活态度，只要不放弃理想，每天的平凡生活会让我们的目标更进一步。同时这系列的短文也纪念一下那些和我一样在医学信息领域辛苦耕耘过的同学们。他们依然坚持在这一领域，有的已经是columbia, wisconsin, pittsburgh等大学的教授。希望有一天，我们有机会能为自己祖国的科研做一点贡献。

老包

medsoft：我现在没有你的e-mail地址，请向我的中文雅虎邮箱发一信。

bhflhl@yahoo.com.cn

老包

非常精彩的个人奋斗史，有成功，有失落，有喜悦，有困惑，......有时间就请多为论坛写的什么。崭新的领域没有现成的路可走，全靠大家的创造，需要相互多交流。

我最近在做3件事，1，继续写好《生物医学知识整合论初论》一书；2，写一篇关于电子病历数据挖掘和知识发现的文章，说明传统的医学逻辑，数理方法（包括统计学方法）的局限性，提出物数学新思路；争取与加拿大同行交流；3.正如wuyong88所说，生物信息学非常活跃，学者们的面貌与医学信息学领域大不一样，非常active。而且发现该国际学会有一个数据整合的workshop，在亚特兰大还有一个工作会议。不过我估计主要讨论还是语法的整合，语义整合还是未来的事。其实生物信息学数据到临床知识的整合是这一领域的一个发展瓶颈，迟早会激起研究热潮，当然问题的难度与语法整合不可同日而语。如果时间允许，准备写一篇关于生物信息学数据整合与临床知识整合的关系的探讨性文章，投给会议，作一交流。

[ 本帖最后由 老包 于 2007-12-15 00:34 编辑 ]

jhs1

实在，喜欢看。
有些观点虽然没有直说，但是切中时弊，如：
“但是我肯定我不喜欢图书情报。”图书情报还是需要的，只是应该摆正位置。
又如：
“对美国教授而言，拥有数据结构算法的计算机研究生学会一种新语言是一个play的过程。老师把那时还很热门的网页设计，脚本处理等等都称作是一个play的过程。我就是用这种play的理念平均花1-2个星期的时间掌握了java, perl, python和R. ”
怎么美国的老师就不知道师道尊严呢，按照这个做法，许多中国大学的老师没有营生了。其实有多少人材是play出来的啊。

tyq

中国的大学,毕业时留校,就是唯一当老师的机会,一旦离开学校,再也没有机会进大学当老师了,除非你的成就大到让校长跌眼镜.
学校就在这样一个封闭的圈子里近亲繁殖,自生自灭.
大多数的老师为了职称晋升,东拼西凑的堆论文,搞科研也主要是为了晋升,职称到手,科研也就差不多终结了,就算有那么一点成果,也无法转化成效益,最终浪费了国家的科研经费.
大学的教育,就是缺乏PLAY,老师糊涂地教,学生糊涂地学,没有目标,教材是10多年前的知识,老师知识老化,意识落后,整个高等教育的体制是这样,很难人才辈出.
看过一些沙盘演练,寓教于PLAY,从中感觉出道理.但大学里绝对不可以出现这种教学方法的.在国内任你努力,也不一定能达到那种高度,

zilu85

作为一个近20年教龄的医学信息系老师，看了看，想了想，第一感觉：你的经历特别像我们中国医科大学的学生，比如实习的地点，当年对考研的做法，但是我又确定不是，因为我们近几年一直请海外的校友回来讲座，不会反对你的任何观点。况且在海外的毕业生我都有联系，可能天下的医学信息系师生境遇多差不多吧。其实你也不必太偏激，当年的思维方式、思想境界就是那个样子，不必耿耿于怀，以至于影响对当前国内医学信息专业的看法。
第二点，你的经历，其实也就是一般国内留学生都要经历的，也刚刚起步，再过几年你就不会这样“指点江山，激扬文字”了。青年人需要“粪土当今万户侯”，只是我个人认为当前的国内医学信息学业在发展中，大家也都在努力，也都在希望，不应该总是把它描述成为一片漆黑。
可能我们努力还不够吧，也可能我们宣传还不够吧。

wuyong88

谢谢老包的分享. 不过实在不好意思说自己的奋斗史. 海外的中国学生优秀的实在太多太多,充其量我不过是其中的沧海一黍.  有时候我甚至想人和人的智商差别怎么这么大. 想想小我十几岁的小妹已经是哈佛tenure-track教授。而我还在为自己能否在5年内拿到tenure而苦苦挣扎。 我的初衷是想和我一样曾经迷茫的同学们能够从我的经历中得到一些借鉴，尽管这不能算是一个非常完美的道路。

我大略看了一下你的论著，就我所知，您的研究尤其是数学模型在这一领域还是挺新的。美国这边更多也是通过信息学的角度结合一些计算机的手段和统计的方法进行知识集成（也就是语法和语义整合），这包括我知道的哈佛，斯坦福和哥大的教授们在这方面的研究。AMIA已经不是我主要参加的会议了。不过希望有机会能和你交流。

wuyong88

是啊，我很感谢我在美国的硕士导师。 他不止一次让我确定我的发展方向，research还是industry.  老板强烈反对我的硕士课题侧重于编程，尽管他也认可我的编程能力。 在他看来硕士以上的教育是培养学生的思维，创新能力而不是按着别人设计的规则亦步亦趋的实现它。他也反反复复告诉我，不要花他多精力在程序上，方法设计出来以后，具体的编程他会留给本科生做。在美国编程和应用各种funncy的软件都被认为是low level的工作，即使在industry也是一样。 还记得有一门课涉及数据的算法，为了做作业，我用了一个星期专业透了PostGres, 并实现了面向对象的数据库的架构。 结果做Presentation 的时候，教授仅仅随口说了一句，看来你化了一些时间play它。听了特郁闷。

wuyong88

可能我是有点偏激吧。不过不能否认当时理想和现实的落差对大学时代的我的冲击。 我不知道这种冲击对我的影响还能持续多长时间。在国内的时候，对中国医大了解不多，尽管我们都是部属院校。大学时的绝大部分同学好像都认为我们是仅次于协和的。不过我在美国倒是遇到好几个中国医大的学生。而且能力都是相当不错的。我读书期间医学信息系有个中国医大遗传系的学生，病理系也有一个。刚刚interview一个你们七年制的学生，Baylor医学院毕业computational biology方向。系里的一个教授刚刚招了一个博士后，好像也是中国医大的。除了我，学医的还有一个来自北医。不过很遗憾，在美国没有遇到和我一样曾经在国内有过医学信息背景的人。希望我机会遇到。很想知道在美的曾经在国内读医学信息的学生是否和我有一样的感触。

老包

青蛙不应该气馁。试想一下，老鹰只能完成一个简单的线性物理过程，而青蛙也许能完成一部非线性物理学，成就与一个线性物理过程不可同日而语。

zilu85

在探讨学术问题的时候，人的智商和知识面可能不一样，可能有高下，就像许三多很多方面不如成才一样（见《士兵突击》），可是精神上是平等的。
1999年我离开哥伦比亚大学的时候，shortliffe刚刚去哪里当系主任，我没有遇到他。但是还算认识Cimino、Carl Friedman，也许明年会再去哥大。[是否觉得像《围城》里面的句子？]
别人怎样工作]、运作科研项目，了解了一些。更多的是考虑如何在我们现有的条件下，寻找出路。其实出路也明摆着，不管做青蛙还是老鹰，不抛弃、不放弃。
说到老鹰，想起了一句名言：“鹰有时可能比鸡飞得低，但是鸡却永远飞不到鹰那么高！”---- 摘自《沃伊诺夫（安·瓦·卢那察尔斯基）论党同工会的关系一书的序言》列宁1907年11月
窃以为，这里的鹰和鸡是思想境界上的高下。论思想境界，许三多是鹰，咱们也不做鸡。